一、全国计算机等级考试：是教育部考试中心主办，用于测试应试人员计算机应用知识与能力的等级水平考试。 其目的在于推进计算机知识的普及，促进计算机技术的推广应用，以适应社会主义经济建设的需要，为用人部门录用和考核工作人员服务。 该考试面向社会，服务于劳动力市场，为人员择业、人才流动提供其计算机应用知识与能力的证明，以便用人部门录用和考核工作人员时有一个统一、客观、公正的标准。
二、全国计算机信息高新技术考试：是根据劳动部发[1996]19号《关于开展计算机信息高新技术培训考核工作的通知》文件，由劳动和社会保障部职业技能鉴定中心统一组织的计算机及信息技术领域新职业国家考试。通过计算机信息高新技术考试，获得操作员、高级操作员资格者，分别视同于中华人民共和国中级、高级技术等级，其使用及待遇参照国家相应规定执行；获得操作师、高级操作师资格者，参加技师、高级技师技术职务评聘时分别作为其专业技能的依据”。 劳社鉴发[2004]18号文中，又进一步明确“全国计算机信息高新技术考试作为国家职业鉴定工作和职业资格证书制度的有机组成部分”。
三、至于微软、思科认证属于比较专业的计算机考试，分别有微软和网络领域著名的厂商--Cisco公司推出的，具体说起来很多，你可以在
http://baike.baidu.com/view/22531.htm和
http://baike.baidu.com/view/11096.htm查看。
四、全国计算机技术与软件专业技术资格(水平)考试俗称“软考”是针对计算机与软件专业技术人员的一项资格（水平）考试，是国家统一命题、评卷、发证的考试。考试标准与日本等国的考试标准互认。报名者不受学历、资历、年龄、区域的限制。计算机技术与软件专业技术资格(水平)考试是原中国计算机软件专业技术资格和水平考试的完善与发展，是由国家人事部和信息产业部领导下的国家级考试，其目的是科学、公正地对全国计算机与软件专业技术人员进行职业资格、专业技术资格认定和专业技术水平测试。具体你可以登陆
http://baike.baidu.com/view/43159.html了解。
五、一些杀毒软件厂商搞的那种证你没有必要考虑。
至于你怎样选择主要看你准备往那个方面发展，如果是像专业方面发展建议考软考或者微软、思科认证，反之可以考计算机等级证书（级别当然越高越好）。只是要提醒你的是软考或者微软、思科认证难度可比计算机等级考试大得多。