南开大学深圳研究院主要是开设有网络教育专科、在职研究生：金融学硕士、公共管理（MPA)双证硕士、国际经贸关系、教育领导与管理、医院管理、EDP等专业；
而北京大学深圳研究生院下设信息工程学院、化学生物学与生物技术学院、环境与能源学院、城市规划与设计学院、汇丰商学院、国际法学院、人文社会科学学院等七个学院，专业设置涉及信息科学与技术、电子与通讯技术、化学生物学、环境科学、环境与能源、城市与区域规划、景观设计、社会学、心理学、新闻传播、金融、经济、管理、法律等领域。
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