小超市税开发票税率是3%。
小超市做了税务登记以后，属于小规模纳税人，小规模纳税人的税率是3%。开发票时就按照3%来开就。
税率是对征税对象的征收比例或征收额度。
税率是计算税额的尺度，也是衡量税负轻重的重要标志。中国现行的税率主要有比例税率、超额累进税率、超率累进税率和定额税率。分析税收负担轻重，要注意区别名义税率和实际税率。
小规模纳税人是指年销售额在规定标准以下，并且会计核算不健全，不能按规定报送有关税务资料的增值税纳税人。
2021年4月1日至2022年12月31日，对月销售额15万元以下（含本数）的增值税小规模纳税人，免征增值税。
【法律依据】
《中华人民共和国增值税暂行条例》 第二条 增值税税率：
（一）纳税人销售货物、劳务、有形动产租赁服务或者进口货物，除本条第二项、第四项、第五项另有规定外，税率为17%。
（二）纳税人销售交通运输、邮政、基础电信、建筑、不动产租赁服务，销售不动产，转让土地使用权，销售或者进口下列货物，税率为11%：1.粮食等农产品、食用植物油、食用盐；2.自来水、暖气、冷气、热水、煤气、石油液化气、天然气、二甲醚、沼气、居民用煤炭制品；3.图书、报纸、杂志、音像制品、电子出版物；4.饲料、化肥、农药、农机、农膜；5.国务院规定的其他货物。
（三）纳税人销售服务、无形资产，除本条第一项、第二项、第五项另有规定外，税率为6%。
（四）纳税人出口货物，税率为零；但是，国务院另有规定的除外。（五）境内单位和个人跨境销售国务院规定范围内的服务、无形资产，税率为零。税率的调整，由国务院决定。第三条 纳税人兼营不同税率的货物或者应税劳务，应当分别核算不同税率货物或者应税劳务的销售额；未分别核算销售额的，从高适用税率。
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