1、作用区别：专票的重要作用是用作买方扣除增值税的凭证；普票除极少数情况外一般不予作抵扣使用。
2、使用发票的主体区别：专票的使用主体是增值税一般纳税人；普票的使用主体是从事经营活动并办理税务登记的纳税人。
3、印制发票的主体区别：增值税专用发票（专票）由国务院税务主管部门指定的企业印制；普票按照国务院税务主管部门的规定，分别由省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局指定企业印制。
4、发票联次区别：专票有七个联次、四个联次两种；普票只有三个联次一种。
5、发票所包含的内容区别：专票比普票多了“适用税率、纳税人税务登记号、应纳增值税额、不含增值税金额和应纳增值税额”等内容。
法律依据：
《中华人民共和国税收征收管理法》第二十二条：增值税专用发票由国务院税务主管部门指定的企业印制；其他发票，按照国务院税务主管部门的规定，分别由省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局指定企业印制。未经前款规定的税务机关指定，不得印制发票。
《中华人民共和国发票管理办法》第七条：增值税专用发票由国务院税务主管部门确定的企业印制；其他发票，按照国务院税务主管部门的规定，由省、自治区、直辖市税务机关确定的企业印制。禁止私自印制、伪造、变造发票。
《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条：纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产支付或者负担的增值税额，为进项税额。
下列进项税额准予从销项税额中抵扣：
（一）从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额。
（二）从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额。
（三）购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算的进项税额，国务院另有规定的除外。进项税额计算公式：
进项税额=买价×扣除率
（四）自境外单位或者个人购进劳务、服务、无形资产或者境内的不动产，从税务机关或者扣缴义务人取得的代扣代缴税款的完税凭证上注明的增值税额。
准予抵扣的项目和扣除率的调整，由国务院决定。
《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十一条：纳税人发生应税销售行为，应当向索取增值税专用发票的购买方开具增值税专用发票，并在增值税专用发票上分别注明。销售额和销项税额
属于下列情形之一的，不得开具增值税专用发票：
（一）应税销售行为的购买方为消费者个人的；
（二）发生应税销售行为适用免税规定的。