我们在缴纳增值税的时候一定会用上增值税发票，分为专用发票和一般发票。增值税专用发票具有多样性的功能，不仅是一种纳税凭证，更能体现产品的生产、流通、交换、分配等各个过程，是增值税功能的体现。增值税专用发票只能有一般纳税人享有，可用于抵扣进项税额。
一、开具增值税专用发票
（一）、系统设置
1、初始化禁做，第一次安装时使用。
2、税务信息，名字和税号不能修改，银行账号，输入一个号码后输第二个时需回车。
3、商品只能先录入商品编号后选入，客户编码可直接输入也可选入；商品税目（需有），简码（可有可无）；单价应在开具发票时直接输入；地址电话银行账户，输入时需从编辑器中输入；保存时点左上角退出，不点右上角的差号。
（二）、发票管理
1、发票领用：购买（带IC卡）——读入开票系统（买错发票需退回IC卡发票号）。注意：购买时需持报表和IC卡等（国税局决定）；读入时若失败，原因：未插IC卡；IC卡中无领购的发票；发票流水号已经读走（点发票填开，看有没有发票）；金税卡已到锁死期。
2、发票退回：只有因国税局错买了发票才能使用此项。
3、开具发票：确认发票代码和号码；金税卡日期如错误，应携带IC卡到国税局授权修改；商品信息中注意含不含税；一张发票只能一种税率，只能开八行商品；开完发票，打印即保存了；销方信息：银行账号可多个。
4、发票修复：发票修复后，所有发票无法打印（从金税卡到硬盘）。发票查询：发票开具管理
a、查询打印时，点第一窗口的打印。
b、某某省清单打印选套打。
c、发票复制：选中行——选项。注意：复制过来的商品可修改。
5、a、开具带销货清单的发票：如果商品行多于八行，需开清单；先确认含不含税；只能在清单上写商品，发票上不写商品；清单一张可打十二行。
b、开局带折扣的专用发票：01．带清单：清单中的每行都可加折扣或多行统一折扣；但发票上只显示一行折扣栏（不管是不是同种折扣）。02．不带清单：选中商品行、点折扣，其折扣行数是指选中行及上面几行；折扣行只能删除不能修改；商品行与折扣行之间不许加入信息，折扣行算一行；每行或多行商品可加折扣，但总金额不可加折扣。
c、开具负数发票：商品与客户都不用填写，且有退回之正数发票；隔月发票需冲红。冲一部分的，需对方国税局退货证明，用减号重新输入（单位为正），找不到明细，需手工输入，需保存点打印按钮。
d、作废专用发票：01．当月发票可以作废，隔月的需冲红。02．谁开谁作废。03．点击作废按钮。04．已报税的发票不能作废只能冲红。
（三）、抄税报税：
每月1号至10号，超期罚款。（需持IC卡和报表）。
1、抄税流程：01．抄税写IC卡（大约一分钟，每月一号不能开票需抄税。）02．销项报表打印。03．持IC卡和报表到大厅报税。注意：IC卡内必须无报税信息，若有先报税，后抄税；若抄税时IC卡上有新购发票，可同时读入发票。
2、打报表（每月一次）．即第三模块／标题栏（第三条）－发票资料查询打印－或－发票资料。
3、报表类：发票资料统计；月度统计即月汇总表（增值税销售情况）；工具栏发票资料统计年度统计即年汇总表。发票资料统计－－－－领用存表。
4、金税卡管理－－－状态查询：最大限额十万；抄税起始日变下一个月。
以上就是增值税发票抵扣流程，由此我们可以看到，只有增值税专用发票才可以进行抵扣，而能否抵扣取决于我们是一般纳税人还是普通纳税人。增值税专用发票抵扣大致分为系统设置、发票管理、纳税报税三项开具流程和抵扣环节。需要注意的是，只有打印的增值税发票才具有效力。