求助miRNA QRT-PCR引物设计

如题所述

    miRNA引物设计(茎环法+染料法检测)

    设计方法:通用茎环后端加miRNA后面6个碱基的反向互补序列为反转录引物,正向引物为miRNA去除后面6个碱基的序列,反向引物在茎环上。

    反转录茎环通用序列:

    GTCGTATCCAGTGCGTGTCGTGGAGTCGGCAATTGCACTGGATACGAC

    miRNA序列:

    >mmu-miR-99b-5p
    MIMAT0000132 Mus musculus miR-99b-5p

    CACCCGUAGAACCGACCUUGCG

    mmu-miR-99b-5p反转录颈环引物为:

    GTCGTATCCAGTGCGTGTCGTGGAGTCGGCAATTGCACTGGATACGACCGCAAG

    定量PCR反向引物为:TGTCGTGGAGTCGGC

    正向引物为:CACCCGTAGAACCGAC

    备注:

    1
    定量PCR反向引物和正向引物的TM值不要相差太大,反向引物TM已经确定,如果正向引物TM较低,则在5`端添加几个碱基(如:G)。

    2
    染料法的检测可能会出现引物二聚体和非特异性扩增,可以使用探针法检测,探针法和染料法相似,只是茎环上不仅有一个反向引物结合位点,还有一个探针结合位点。

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第1个回答  2017-02-03
miRNA引物设计(茎环法+染料法检测)

设计方法:通用茎环后端加miRNA后面6个碱基的反向互补序列为反转录引物,正向引物为miRNA去除后面6个碱基的序列,反向引物在茎环上。

反转录茎环通用序列:

GTCGTATCCAGTGCGTGTCGTGGAGTCGGCAATTGCACTGGATACGAC

miRNA序列:

>mmu-miR-99b-5p
MIMAT0000132 Mus musculus miR-99b-5p

CACCCGUAGAACCGACCUUGCG

mmu-miR-99b-5p反转录颈环引物为:

GTCGTATCCAGTGCGTGTCGTGGAGTCGGCAATTGCACTGGATACGACCGCAAG

定量PCR反向引物为:TGTCGTGGAGTCGGC

正向引物为:CACCCGTAGAACCGAC

备注:

1
定量PCR反向引物和正向引物的TM值不要相差太大,反向引物TM已经确定,如果正向引物TM较低,则在5`端添加几个碱基(如:G)。

2
染料法的检测可能会出现引物二聚体和非特异性扩增,可以使用探针法检测,探针法和染料法相似,只是茎环上不仅有一个反向引物结合位点,还有一个探针结合位点。本回答被网友采纳
第2个回答  2017-02-03
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