归纳下来，原因主要有如下几点：
⑴经济因素：①士族地主阶级经济实力膨胀，土地兼并严重，平民百姓受剥削过于严重，因此儒家那一套“君君臣臣父父子子”对他们吸引力不如佛教和
道教大（人在苦难的时候都会寄希望于宗教，宗教比起儒家这种政治伦理学说更能起到精神寄托的作用）；②魏晋南北朝时代（220～581，广义上是190～589）是一个乱世，战乱频繁，经济受到严重破坏，国家财政困难，无力资助儒学发展（如像
汉武帝时期那样兴办太学），儒学传统教育受到破坏；③南北朝时期（386～589）寺院经济有了很大发展，尤其是南朝（420～589）个佛寺荫庇大量人口，有大片田产，经济实力雄厚，根据马克思主义“经济基础决定上层建筑”的理论佛教经济实力增长后必然在文化上居于强势地位并挤压儒家。
⑵政治因素：①
十六国（304～439）、北朝（386～589）是少数民族入主中原，出于朦胧的民族意识，他们（如石勒、石虎、苻坚、吕光、姚兴等）认为胡人就应该信“胡教”，因此源自印度的佛教颇受他们青睐；②战火纷飞之下人民深受灾难，更容易在佛教、道教方面产生精神寄托；③道教拥有自己的武装力量（黄巾军、天师道军、五斗米军），甚至一度建立过自己的政权（如三国时期割据汉中的张鲁政权），在“有枪便是草头王”的乱世中影响力自然大过了没有独立武装力量的儒家；④士族地主阶级腐朽，寒门庶族进取无望，阶级矛盾（士族与寒族矛盾）尖锐，一些统治者（如
梁武帝萧衍）希望借佛教、道教等宗教缓和士庶矛盾，维持自己摇摇欲坠的统治；⑤胡人正统观念比较弱，早期不太重视儒家思想（这主要是和汉朝统治者相比，其实和后来
西夏、辽、元等游牧民族征服王朝相比他们还是很重视儒家的）；⑥大一统中央集权王朝崩溃，国家分裂，儒家失去政治支持，不再被独尊。
⑶文化因素：①魏晋南北朝时代，中印文化交流频繁，有佛图澄东来中国，也有法显、乐尊等西行印度，用陈寅恪先生的话说，这是一个“中国学与印度学交锋”的时代，古印度佛教伴随古印度文化（如梵文、梵音）的北传对中国产生了巨大影响；②儒家思想偏重政治学、伦理学理论，缺乏哲学思辨性，道教和融合儒家、道家思想的“玄学”正好可以填补这一空白;③东汉儒学发展到极端，过于繁琐，失去了活力，“经今古文之争”后更加趋于没落。