上海交通大学医学院附属儿童医院前身是由我国著名的儿科专家富文寿及现代儿童营养学创始人苏祖斐等前辈于1937年创办的上海难童医院，是一所集医疗、保健、教学、科研、康复于一体的三级甲等综合性儿童医院。医院目前占地面积1.59公顷，建筑面积约2.5万平方米，核定床位300张，职工七百余人，年门诊量近60万人次，住院病人约1.2万人次。2003年3月成为上海交通大学附属儿童医院。医院拥有一批包括中国工程院院士、硕（博）士生导师在内的国内外知名专家，拥有高级专业技术人员近百名。医院同时是上海医学遗传研究所、上海市儿童保健所、上海市儿童急救中心、上海市儿童康复中心所在地。
医院具有突出的临床工作能力。重症新生儿急救转运和抢救；各型小儿疑难肾脏疾病的诊疗；非麻醉下婴儿肾穿刺活检；哮喘及呼吸系统感染治疗；心脏介入诊断与治疗；小儿白血病治疗；先天性泌尿生殖系统畸形、复杂泌尿系统梗阻、肿瘤及尿道外伤等手术；各类先天性骨关节畸形及大脑瘫痪后遗症的矫治；四肢创伤骨折的整复和治疗；骨关节的遗传性代谢性疾病和骨肿瘤等治疗；新生儿疾病筛查；医学影像诊断；儿童适宜药物研制等领域尤为善长。
以著名科学家曾溢滔院士领衔的上海医学遗传研究所为代表的医院基础研究居于国际水平。我国第一头乳汁中表达人凝血因子Ⅸ蛋白的转基因山羊和国际上首例整合了人血清蛋白基因的转基因试管牛的诞生成为中国科技进展的标志之一。
医院是全市儿童保健业务指导中心，在营养性疾病的咨询与诊治、口腔保健、听力及弱视筛查、智力测试、智力低下和学习困难咨询等领域有丰富的积累。
医院在脑炎后遗症、神经性偏瘫、视神经萎缩、各类型小儿脑瘫和心肌炎等各种原因引起的运动功能障碍及缺血缺氧性改变等患儿的康复治疗领域具有一定水平。
医院是上海交通大学医学院的临床教学基地，拥有一批博士生导师和硕士生导师；设有博士、硕士专业点及博士后流动站，并承担着护理专业大、中专生的带教任务。医院每年举办国家级、市级继续教育学习班十余期。每年接受来自全国各地的进修医师近50名。
近年来医院承担了国家“863”、“973”等重点攻关项目、国家自然科学基金重大项目，国际合作重大项目，市科委基础研究重大项目及卫生局科研基金项目等。多次荣获国家级、部委级和上海市的重大科技成果奖。
医院对外交流频繁，与美国、俄罗斯、加拿大、奥地利、日本、新加坡、韩国、英国等国的医疗机构有合作项目。
