没有最好的，只有最合适的，需要按照不同场景去分析，然后按照你的商城适合哪个场景。
微商城：
这个出现较早，2013年就已经有了，微商城功能也很完善，他的好处是展示，没有平台限制，例如微信、微博、facebook、ins、抖音、快手、头条等都可以显示。微商城还有一个好处是不需要审核，小程序如果资质不齐全，审核不通过，也是发布不了的。所以，目前看使用微商城的至少已有一大半的人。总结：微商城好处是灵活、多平台、不需要审核，缺点是体验稍差。
小程序商城：
小程序商城在2017年出现，到现在快三年了，发展的不错，优点是颜值高，在微信里面易于传播和使用，非常顺手的工具，缺点是，只能适用于微信环境，不能在其他平台使用，而且发布麻烦，需要审核。总结：小程序商城体验好，易于使用；缺点是，局限性大。 为了更直观的体现二者的差别，看下图，这是海报模板在微商城和小程序商城里面的展现，最右侧是小程序商城，可以看到颜值和自定义程度很高，而中间的微商城就要差一些了。
程序在微信环境下的展示，可以看到小程序在分享时显示面积更大、可以聊天界面自动下拉打开、以及新颖的小程序码都能给小程序加分。
如果能同时提供微商城和小程序商城，同时开通可以来实现全渠道经营，这样能够充分发挥各自的优势，二者的数据都是互通的，这样的话就更好了。小程序在表现力上已经完全超越了微商城，微信给了小程序太多太多的特殊权限和展示入口，所以微信环境做小程序是毋庸置疑的，但你也可以根据使用环境来判断哪个更加适合你。
展示入口不同：微商城由第三方开发，如大优掌门等，然后绑定在微信公众号上，运管较成熟，功能齐全，可以满足品牌展示、卖货、代理招募、活动推广、吸粉等商家基本需求。小程序，在[发现]—【小程序】里搜索附近的小程序（逐渐增加卡券等入口），也由第三方开发，因为较新，各家开发能力和功能不同。
功能差异，就目前来说，微商城功能完善，比如大优掌门除了微商城展示、卖货功能，会附加很多营销小工具，以及代理管理系统等。小程序功能有限，主要起到地图引导和卖货的功能，其他功能待开发。
使用场景不同：微商城意图吸引粉丝，留住粉丝，培养忠诚客户。小程序，用完即走，方便消费者，但对于商户而言较难留客。
使用者差异：小程序以线下实体商家为主，电商为辅。微商城以企业和电商为主。
1分钟告诉你，微信小程序和微商城的区别