1987年8月13日，厦门市人民政府发布《关于调整厦门市行政区划的通知》，决定设立新的行政区——湖里区。这一决定包括将郊区的禾山乡及其下属的高殿、马垄、枋湖、县后、钟宅、高林、五通、后坑、江头、蔡塘、后埔等11个村委会，以及江头居委会和开元区的湖里街道办事处及其下的湖里、村里、徐厝、石头、东渡、塘边、后埔等7个居委会划归湖里区的管理范围。
湖里区的设立并非一蹴而就，其规划区域源于原禾山区，该地区在历史上曾有19个保，178个社，其中部分在抗日战争期间被日军占领。战后，禾山区作为厦门市五个行政区之一设立。然而，行政区划多次调整，如曾厝垵、黄厝等农业区在新中国成立初期回归禾山区，而60年代初，文灶、梧村划归开元区。1980年，前线公社更名为禾山乡，1989年改为禾山镇。湖里街道办事处也在这一时期成立，并于正式设立湖里区时，部分村落划归至思明区和开元区。
截至1995年，湖里区的面积达到58.21平方公里，行政区划包括1个街道办事处、1个镇、18个居委会和11个村委会。具体到2008年，湖里区下辖有多个社区，如湖里街道的湖里社区、村里社区等，殿前街道的兴隆社区、长乐社区等，以及禾山街道、江头街道和金山街道等多个街道下的不同社区，还包括火炬高技术开发区和象屿保税区等特殊区域。
湖里区，是福建省厦门市为适应改革开放、特区建设形势发展的需要，于1987年11月新成立的一个行政区，是厦门经济特区的发祥地，是国家信息技术产业基地的中心，集装箱吞吐量居全国第六位，是中国十大港口之一，是厦门岛对外交通的重要枢纽。