1987年8月13日,厦门市人民政府发布《关于调整厦门市行政区划的通知》,决定设立新的行政区——湖里区。这一决定包括将郊区的禾山乡及其下属的高殿、马垄、枋湖、县后、钟宅、高林、五通、后坑、江头、蔡塘、后埔等11个村委会,以及江头居委会和开元区的湖里街道办事处及其下的湖里、村里、徐厝、石头、东渡、塘边、后埔等7个居委会划归湖里区的管理范围。
湖里区的设立并非一蹴而就,其规划区域源于原禾山区,该地区在历史上曾有19个保,178个社,其中部分在抗日战争期间被日军占领。战后,禾山区作为厦门市五个行政区之一设立。然而,行政区划多次调整,如曾厝垵、黄厝等农业区在新中国成立初期回归禾山区,而60年代初,文灶、梧村划归开元区。1980年,前线公社更名为禾山乡,1989年改为禾山镇。湖里街道办事处也在这一时期成立,并于正式设立湖里区时,部分村落划归至思明区和开元区。
截至1995年,湖里区的面积达到58.21平方公里,行政区划包括1个街道办事处、1个镇、18个居委会和11个村委会。具体到2008年,湖里区下辖有多个社区,如湖里街道的湖里社区、村里社区等,殿前街道的兴隆社区、长乐社区等,以及禾山街道、江头街道和金山街道等多个街道下的不同社区,还包括火炬高技术开发区和象屿保税区等特殊区域。
湖里区,是福建省厦门市为适应改革开放、特区建设形势发展的需要,于1987年11月新成立的一个行政区,是厦门经济特区的发祥地,是国家信息技术产业基地的中心,集装箱吞吐量居全国第六位,是中国十大港口之一,是厦门岛对外交通的重要枢纽。