咖啡中含有咖啡因，咖啡因可以让神经系统兴奋而造成失眠或神经紧张。而且摄取过多的咖啡因，容易发生耳鸣、心脏机能亢进，就是心脏跳动迅速、脉搏次数增加，及脉搏跳动不均，所以必须适量饮用咖啡。建议不要过量喝咖啡。
喝咖啡会加重心脏急症和高血压。对于那些患高血压、冠心病、动脉硬化等疾病的人来说，长期或大量饮用咖啡，可引起心血管疾。长期大量服用，如果你本身已有高血压时，使用大量咖啡因只会使你的情况更为严重。因为光是咖啡因就能使血压上升，若再加上情绪紧张，就会产生危险的相乘效果。
中老年妇女大量饮用咖啡，会影响身体对于钙质的吸收、引起骨质疏松，而实际上妇女绝经后，每天需要加十倍的钙量。咖啡因本身具有很好的利尿效果，如果长期且大量喝咖啡，容易造成骨质流失，对骨量的保存会有不利的影响。
胃病患者喝咖啡过量可引起胃病恶化。大量喝咖啡影响食欲，可能会引起呕吐和痉挛，也可能出现胃炎和舌苔厚腻，因而会使身体感到疲乏无力。
喝现煮咖啡，美国人主要喝滤纸过滤后的咖啡，欧洲人则喝不过滤的咖啡。咖啡中有
能够升高低密度胆固醇水平的成分，这个成分可以被滤纸过滤掉。由于低密度胆固醇会增加心脏病的风险，所以滤纸过滤的咖啡要健康一些。速溶咖啡在制作过程中，能够使低密度胆固醇水平升高的成分被去掉了，因此在这一点上和滤纸过滤的咖啡一样健康。
对速溶咖啡的最大顾虑是丙烯酰胺水平，食物中的丙烯酰胺是加热后的产物，因此咖啡中也含有丙烯酰胺。丙烯酰胺被认为是潜在的致癌物，其和癌症形成的关系并没有得到证实，因此也没有安全剂量。