根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条的规定，下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：（一）用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务；（二）非正常损失的购进货物及相关的应税劳务；（三）非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务；（四）国务院财政、税务主管部门规定的纳税人自用消费品；（五）本条第（一）项至第（四）项规定的货物的运输费用和销售免税货物的运输费用。另根据《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十四条的规定，条例第十条第（二）项所称非正常损失，是指因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失。
根据上述规定，购买方出现材料实际入库数小于增值税专用发票开具数量的情况，如果被主管税务机关认定是因为管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失，差额部分进项税额要作转出处理；如果被主管税务机关认定不属于管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失，而是正常合理的损耗，差额部分进项税额不须作转出，即可以按专用发票注明的税额全额抵扣。当然，对属于由于销售方的责任造成的非正常损失，购买方可与销售方协商按销货退回或销售折让处理。
若对是否属于非正常损失及进项税额是否需转出有疑问，可向主管税务机关提交相关资料由主管税务机关帮助具体确认。
可见，只有超出合理损耗的，才需要做进项税额转出。对于其他正常部分没有影响，也不涉及税收风险。
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