保税加工货物的报关程序分为备案前期阶段和后续的报核阶段。
在备案阶段，首先进行经营范围电子帐册备案，需提供经营单位及生产单位名称、代码、加工贸易批准证书编号、加工能力及详细经营范围。如需变更，需商务主管部门核准后海关才能办理。便捷通关电子帐册备案涉及企业基本信息、料件与成品情况、单耗关系，料件需在进口前备案，成品和单耗可延至出口前。海关会根据加工能力设定最大周转金额和数量限制，每批进口需控制在剩余值内。电子帐册在异地报关和深加工结转时发放，特殊情况可为子公司建立独立电子帐册。
报关环节包括进出境报关，深加工结转报关以及其它报关，具体内容略。缓税利息的计算以核销日至税款缴纳日为计息期间，根据应补税款和利息率计算。核销阶段分为定期报核和周期报核，半年进行一次。预报核是将报关数据电子发送至海关进行动态比对，正式报核则核对周期结存与应结存数据，差异处理有严格规定。
报核时需提交电子帐册报核总体情况表、归并参数表、盘点表、报关单、税款缴纳书、财务报表等单据。核销结果要求精确无误，如有多出，只要合理，可以转入下期核销，但绝对不允许出现短缺。
保税加工货物是通常所说的加工贸易保税货物,是指经海关批准未办理纳税手续进境,在境内加工、装配后复运出境的货物。保税加工货物包括专为加工、装配出口产品而从国外进口且海关准予保税的原材料、零部件、元器件、包装物料、辅助材料（简称料件）以及用上述料件生产的成品、半成品。