“农业产业化国家重点龙头企业”由国家农业部、国家发改委、国家财政部、国家商务部、中国人民银行、国家税务总局、中国证监会、全国供销合作总社8个部门共同认定，根据全国农业产业化联席会议制定的《农业产业化国家重点龙头企业认定和运行监测管理办法》，企业经过企业申报、各地推荐、专家评审、部门审核、媒体公示等环节，达到标准，最终授牌。
为确保国家重点龙头企业的质量和水平，8部门组成的全国农业产业化联席会议对国家重点龙头企业实行动态管理，建立竞争淘汰机制，做到有出有进、等额递补，每两年对企业进行一次监测评估。对主营业务脱离农业、带动能力明显不足、产品质量出现重大问题等不合格企业，取消其国家重点龙头企业资格。