个人所得税是在扣除员工五险一金扣款之后计算。
但是其他补贴需要加入进行一起计算。
员工的补贴也是算入员工本月收入的一部分，应该纳入收入一起计算个人所得税。
超过3500元部分就需要缴纳个人所得税了。
《个人所得税法》。
第四条 下列各项个人所得，免纳个人所得税。
一、省级人民政府、国务院部委和中国人民解放军军以上单位，以及外国组织、国际组织颁发的科学、教育、技术、文化、卫生、体育、环境保护等方面的奖金。
二、国债和国家发行的金融债券利息。
三、按照国家统一规定发给的补贴、津贴。
四、福利费、抚恤金、救济金。
五、保险赔款。
六、军人的转业费、复员费。
扩展资料：
征收办法
我国个人所得税的纳税义务人是在中国境内居住有所得的人，以及不在中国境内居住而从中国境内取得所得的个人，包括中国国内公民，在华取得所得的外籍人员和港、澳、台同胞。
居民纳税义务人
在中国境内有住所，或者无住所而在境内居住满1年的个人，是居民纳税义务人，应当承担无限纳税义务，即就其在中国境内和境外取得的所得，依法缴纳个人所得税。
非居民纳税义务人
在中国境内无住所又不居住或者无住所而在境内居住不满一年的个人，是非居民纳税义务人，承担有限纳税义务，仅就其从中国境内取得的所得，依法缴纳个人所得税。
境外人士获取中国境内所得是否征收个人所得税一览表。
参考资料来源：百度百科-五险一金
个人所得税是在扣除员工五险一金扣款之后计算。但是其他补贴需要加入进行一起计算。员工的补贴也是算入员工本月收入的一部分，应该纳入收入一起计算个人所得税。超过5000元部分就需要缴纳个人所得税了。
《个人所得税法》
第四条 下列各项个人所得，免纳个人所得税：
一、省级人民政府、国务院部委和中国人民解放军军以上单位，以及外国组织、国际组织颁发的科学、教育、技术、文化、卫生、体育、环境保护等方面的奖金；
二、国债和国家发行的金融债券利息；
三、按照国家统一规定发给的补贴、津贴；
四、福利费、抚恤金、救济金；
五、保险赔款；
六、军人的转业费、复员费；
七、按照国家统一规定发给干部、职工的安家费、退职费、退休工资、离休工资、离休生活补助费；
八、依照我国有关法律规定应予免税的各国驻华使馆、领事馆的外交代表、领事官员和其他人员的所得；
九、中国政府参加的国际公约、签订的协议中规定免税的所得；
十、经国务院财政部门批准免税的所得。
第六条 应纳税所得额的计算：
一、工资、薪金所得，以每月收入额减除费用三千五百元后的余额，为应纳税所得额。
二、个体工商户的生产、经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。
三、对企事业单位的承包经营、承租经营所得，以每一纳税年度的收入总额，减除必要费用后的余额，为应纳税所得额。
四、劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得、财产租赁所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元；四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额。
五、财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。
六、利息、股息、红利所得，偶然所得和其他所得，以每次收入额为应纳税所得额。
个人将其所得对教育事业和其他公益事业捐赠的部分，按照国务院有关规定从应纳税所得中扣除。
扩展资料：
计算方法
应纳税所得额=月度收入-5000元（起征点）-专项扣除（三险一金等）-专项附加扣除-依法确定的其他扣除。
个税专项附加扣除如下，明细查看个税专项附加扣除；
子女教育专项附加扣除：纳税人的子女接受学前教育和学历教育的相关支出，按照每个子女每年12000元（每月1000元）的标准定额扣除。
继续教育专项附加扣除：纳税人接受学历继续教育的支出，在学历教育期间按照每年4800元（每月400元）定额扣除。纳税人接受技能人员职业资格继续教育、专业技术人员职业资格继续教育支出，在取得相关证书的年度，按照每年3600元定额扣除。
大病医疗专项附加扣除：一个纳税年度内，在社会医疗保险管理信息系统记录的（包括医保目录范围内的自付部分和医保目录范围外的自费部分）由个人负担超过15000元的医药费用支出部分，为大病医疗支出，可以按照每年60000元标准限额据实扣除。
大病医疗专项附加扣除由纳税人办理汇算清缴时扣除。住房贷款利息专项附加扣除：纳税人本人或配偶使用商业银行或住房公积金个人住房贷款为本人或其配偶购买住房，发生的首套住房贷款利息支出，在偿还贷款期间，可以按照每年12000元（每月1000元）标准定额扣除。
非首套住房贷款利息支出，纳税人不得扣除。纳税人只能享受一套首套住房贷款利息扣除。住房租金专项附加扣除：纳税人本人及配偶在纳税人的主要工作城市没有住房，而在主要工作城市租赁住房发生的租金支出,可以按照以下标准定额扣除：
（一）承租的住房位于直辖市、省会城市、计划单列市以及国务院确定的其他城市，扣除标准为每年14400元（每月1200元）；
（二）承租的住房位于其他城市的，市辖区户籍人口超过100万的，扣除标准为每年12000元（每月1000元）。
（三）承租的住房位于其他城市的，市辖区户籍人口不超过100万（含）的，扣除标准为每年9600元（每月800元）。
赡养老人专项附加扣除：纳税人赡养60岁（含）以上父母以及其他法定赡养人的赡养支出，可以按照以下标准定额扣除：
（一）纳税人为独生子女的，按照每年24000元（每月2000元）的标准定额扣除；
（二）纳税人为非独生子女的，应当与其兄弟姐妹分摊每年24000元(每月2000元)的扣除额度，分摊方式包括平均分摊、被赡养人指定分摊或者赡养人约定分摊，具体分摊方式在一个纳税年度内不得变更。
采取指定分摊或约定分摊方式的，每一纳税人分摊的扣除额最高不得超过每年12000元（每月1000元），并签订书面分摊协议。指定分摊与约定分摊不一致的，以指定分摊为准。纳税人赡养2个及以上老人的，不按老人人数加倍扣除。
例：已婚人士小李在北京上班，月收入1万元，“三险一金”专项扣除为2000元，每月租金4000元，有一子女上幼儿园，同时父母已经60多岁。
起征点为3500元的情况下，没有专项附加扣除，每月需缴纳345元个税；
起征点为5000元的情况下，没有专项附加扣除，每月需缴纳(10000-5000-2000)×3%=90元个税。
根据新政策，小李就可以享受住房租金1200元扣除、子女教育1000元扣除、赡养老人1000元扣除(跟姐姐分摊扣除额)，所以，个税=(10000-5000-2000-1200-1000-1000)×3%=0元。
注：新个税法于2019年1月1日起施行，2018年10月1日起施行最新起征点和税率。
新个税法规定，自2018年10月1日至2018年12月31日，纳税人的工资、薪金所得，先行以每月收入额减除费用五千元以及专项扣除和依法确定的其他扣除后的余额为应纳税所得额，依照个人所得税税率表（综合所得适用）按月换算后计算缴纳税款，并不再扣除附加减除费用。
参考资料来源：百度百科-个人所得税
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