作品主要围绕犀川研究室成员之一的犀川创平，以及犀川的恩师的女儿西之园萌绘两人展开，虽然萌绘并不是犀川研究室的成员，但参与了该研究室此次的研讨旅行，地点定在了妃真加岛。随后，在萌绘的提议下，犀川和萌绘前去拜访了座落在这座岛上的真贺田研究所，然而他们在那里的密室中发现了一具尸体。以此为契机，之后又连续发生杀人事件，被卷入其中的两人一同解决充满谜团的连环凶杀案。
剧情——
犀川研究室成员之一的犀川创平，以及犀川恩师的女儿西之园萌绘关系密切，尽管萌绘并不是犀川研究室的成员，但还是经常参与讨论。萌绘对“天才程序员”真贺田四季好奇不已，甚至走后门见过真贺田。真贺田14岁时由于涉嫌杀害双亲而被逮捕，那以后，她就以精神失常为由被隔离在了妃真加岛上的私立研究所…
在萌绘的提议下,犀川研究室全员前往妃真加岛，他们的目的地正是真贺田研究所，真贺田研究所的山根幸宏负责接待他们。真贺田这十五年来没有踏出研究所一步，都是通过荧幕接受采访，而且处处受人监视。夜晚，研究室全员在海边露营，萌绘和犀川前往真贺田研究所，而此时真贺田却和叔叔外出了。真贺田惨遭杀害，她的手脚都不见了，真凶就在真贺田一直呆着的房间里。
整个研究所的网络都被切断了，面对无法报警的情况，众人相互猜疑，萌绘和犀川也被卷入杀人事件中。真贺田的房间只有一个出口，监视器上也没有出现嫌犯，真贺田家仅剩最后一位幸存者，真贺田的妹妹…新藤所长在直升机上惨遭杀害，无线电被人切断，现在仍旧无法联络警察，而犯人还在研究所里。杀人事件再次发生，大家的情绪都很不稳定。
为了查找线索，众人来到真贺田的房间，在真贺田的寝室里发现了名为道流的机器人，但道流却一无所知。在真贺田的电脑里，犀川找到了真贺田的死前书信。睡梦中，萌绘想起了曾经与真贺田的对话，不禁惊醒过来。犀川安抚萌绘，但他自己也正处于混乱之中。所长夫人新藤裕见子来研究所慰问大家，萌绘向她询问真贺田杀死双亲的真相。
栗本其志雄、佐佐木栖麻、真贺田道流都是真贺田四季的分裂人格，而这些人格都是四季模仿他人而来的……犀川决定离开研究所，尽管萌绘不情愿，但她还是跟着犀川回到营地。萌绘将真贺田研究所杀人事件告诉同伴，犀川则独自分析着可能存在的线索，遗书中的那句“全部成为F”成了最大的谜题。山根找到犀川，希望他能隐瞒真贺田遇害的事实。深夜里，萌绘和犀川互吐心声，两人决定重返研究所解开杀人之谜。
犀川和萌绘开始调查真贺田的房间，但还是毫无线索。15年前真贺田杀害双亲时，程序设计师水谷也在现场，犀川找水谷谈话，萌绘则跟着岛田来到娱乐室放松。犀川完全找不到真贺田被杀的理由，就连真贺田的妹妹未来对此也一无所知。萌绘在脑内娱乐设施中竟然见到了死去的真贺田，在真贺田的诱导下，萌绘想起了双亲去世的场景…
萌绘将在机器中见到真贺田的事告知犀川，但她也搞不清楚这位真贺田的真实身份。研究所的成员都可以登录这台机器，而此时一个新的名字被注册了，这个名字正是道流，犀川认为有人在恶意模仿真贺田。研究所的成员计划让未来假扮成真贺田，萌绘和犀川也将成为骗子中的一员。萌绘联系了自己的部长叔叔，将杀人事件和盘托出，没多久警察便来到研究所进行调查。
犀川确认了真贺田房间入口的监视器影片没有档案遗失，如此一来真贺田事件就成了完美的密室杀人案件。15年前真贺田一个人进入研究所的房间，但那间房子里其实有两个人，当时的真贺田已经怀有身孕了……真贺田与萌绘和犀川在脑内交流，“全部成为F”的真相终于揭晓。其实死者并非真贺田，而是她的女儿，为了隐藏女儿的真实身份，真贺田切断了她的手脚。
然而一开始，真贺田的计划是要女儿在十五岁时杀死双亲，也就是所长和她自己。最终计划发生偏差，真贺田只好亲自动手，杀死了所长和女儿，自己离开了实验室。最近萌绘很少和犀川教授联系，因为犀川被警方暗地监视着。在犀川实验室，一位稀客突然来访，此人正是被警方通缉的真贺田。真贺田与犀川闲聊，两人针对爱与自由展开深刻讨论，犀川终于明白了真贺田的世界。真贺田走后，萌绘来到实验室，两人讲起了萌绘爸爸的事，一切回归日常。（剧终）
扩展资料：
角色介绍——
1、犀川创平
国立那古野大学工学部建筑学科准教授(讲座)。对于事物的兴趣程度很极端，对于无必要且无兴趣的事情毫不关心。恩师的女儿、同时也是他学生的萌绘对他怀有好感，但本人却并不留意。虽然有着超群的头脑，却有着远离尘世的一面，不关心时尚。非常喜欢香烟和咖啡，讨厌西瓜、豆馅和黄豆粉。
2、西之园萌绘
国立那古野大学工学部建筑学科1年生。引人注目的美少女，对犀川寄托着感情。父亲是犀川的恩师，那古野大学前校长。叔父是爱知县警部长，叔母是县知事夫人，可谓是超级大小姐。拥有优秀的洞察力和观察力，以及惊人的计算能力，但也有思考偶尔会飞跃到极端的这一特征。喜欢的东西是汽车引擎的声音以及推理小说。
3、真贺田四季
被评价为“人类中最接近神”的天才程序员。14岁时由于涉嫌杀害双亲而被逮捕，但被认定为当时处于精神失常状态而成为无罪。那以后，在位于孤岛·妃真加岛上的私立研究所中度过着被隔离的生活。