细菌的纤维素酶存在于细胞内,当纤维素与细胞接触时才能被分解,这种酶不易从培养基中提取出来。真菌的纤维素酶为胞外酶,可分泌到细胞体外进入培养介质中,容易被提取,可制成酶制剂,在各种酶解生产中广泛使用。真菌和细菌纤维素酶的纤维素结合结构域( Cellulose Binding Domain 简称CBD)的三维结构不同,真菌CBD由33~ 36个氨基酸组成,具有高度同源性,而细菌CBD 由100~110个氨基酸组成,同源性较低。真菌外切酶的CBD 结构形状呈,楔型,一面亲水,另一面疏水。真菌纤维素酶合成后分泌到胞外,其对纤维素的降解是内、外切酶之间的协同作用。而细菌枯草杆菌、假单孢杆菌、纤维单孢菌可产生胞外内切纤维素酶,但无外切纤维素酶的形成。通常,细菌纤维素酶的降解效率低于真菌。细菌纤维素酶产量少、活性低、酶系单一,不能分泌到胞外。丝状真菌具有诸多优点: 产生纤维素酶为胞外酶,便于分离和提取;产酶效率高,产生纤维素酶的酶系结构较合理。