崖柏和侧柏是两种不同的柏树，它们在形态、生长环境和用途等方面存在一些区别：
形态：崖柏的树干扭曲，树皮呈灰褐色，有纵向的裂纹；侧柏的树干笔直，树皮呈红褐色，有明显的纵裂纹。
生长环境：崖柏生长在海拔较高的悬崖峭壁上，而侧柏则生长在海拔较低的山坡、丘陵等地。
用途：崖柏的木材纹理美观，质地坚硬，常用于制作家具、木雕等；侧柏的木材也很坚硬，但不如崖柏珍贵，常用于制作木器、建筑材料等。
崖柏
崖柏是柏科，崖柏属乔木，高可达 10 米，幼树树皮红褐色，平滑，有光泽，树冠圆锥形；当年生枝绿色，叶鳞形，中央之叶近斜方形，先端微尖或钝，侧面的叶船形，宽披针形，先端钝尖、内弯，小枝上面的鳞叶绿色，雄球花卵圆形，黄色。球果椭圆状球形，交叉对生，薄木质，种子椭圆形，扁平，两侧有翅。
崖柏主要分布于中国重庆城口、陕西岚皋、甘肃南部、四川、西藏东部及南部，生长于海拔 1400-2000 米的石灰岩山地。喜光，稍耐阴，耐瘠薄干燥土壤，不耐水湿，浅根性，侧根发达；生长速度中等，寿命长。
2021 年 9 月，崖柏被列入《国家重点保护野生植物名录》，保护级别为二级。未经许可，严禁任何人非法采伐。根据《中华人民共和国刑法》第三百四十四条规定：违反国家规定，非法采伐、毁坏珍贵树木或者国家重点保护的其他植物的，或者非法收购、运输、加工、出售珍贵树木或者国家重点保护的其他植物及其制品的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
侧柏
侧柏是柏科侧柏属常绿乔木。树冠广卵形，小枝扁平，排列成平面。叶小，鳞片状，紧贴小枝上，呈交叉对生排列，叶背中部具腺槽。雌雄同株，花单性。雄球花黄色，椭圆形，球果当年成熟，种鳞木质，扁平，鳞背近边缘处有一反曲尖头，种子卵圆形，扁，顶端钝。
侧柏在中国分布极广，北起内蒙古、吉林，南至广东及广西北部，人工栽培范围几遍全国，是优良的园林绿化树种。寿命极长，常为百年以上。
侧柏被列入中国《国家重点保护野生植物名录》中，是国家二级保护野生植物。根据《中华人民共和国刑法》第三百四十四条规定：违反国家规定，非法采伐、毁坏珍贵树木或者国家重点保护的其他植物的，或者非法收购、运输、加工、出售珍贵树木或者国家重点保护的其他植物及其制品的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
野生植物是自然生态系统的重要组成部分，是大自然赋予人类宝贵的自然资源。保护野生植物，维护生态平衡，不仅关系到人类的生存与发展，也是衡量一个国家、一个民族、一个城市文明进步的重要标志。
主要区别是，科目分类不同、形态特征不同、产地生境不同，具体如下：
一、科目分类不同
1、崖柏
崖柏，是松杉纲、松杉目、柏科、崖柏属、崖柏种植物。
2、侧柏
侧柏，是松杉纲、松杉目、柏科、侧柏属、侧柏种植物。
二、形态特征不同
1、崖柏
灌木或乔木；枝条密，开展，叶片鳞形，生于小枝中央之叶斜方状倒卵形，有隆起的纵脊，先端钝，宽披针形，较中央之叶稍短，两面均为绿色，无白粉。雄球花近椭圆形，交叉对生，药隔宽卵形，幼小球果椭圆形，种鳞交叉对生，最外面的种鳞倒卵状椭圆形，未见成熟球果。
2、侧柏
常绿乔木。树冠广卵形，小枝扁平，排列成1个平面。叶小，鳞片状，紧贴小枝上，呈交叉对生排列，叶背中部具腺槽。雌雄同株，花单性。雄球花黄色，由交互对生的小孢子叶组成，每个小孢子叶生有3个花粉囊，珠鳞和苞鳞完全愈合。球果当年成熟，种鳞木质化，开裂，种子不具翅或有棱脊。
三、产地生境不同
1、崖柏
崖柏主产于中国四川大巴山、华北地区太行山脉，一般生长在海拔700-2100米的悬崖峭壁的崖缝中。阳性树，稍耐阴，耐瘠薄干燥土壤，忌积水，喜空气湿润和钙质土壤，不耐酸性土和盐土；要求气温适中，超过32℃生长停滞，在-10℃低温下持续10天即受冻害。
2、侧柏
产于中国内蒙古南部、吉林、辽宁、河北、山西、山东、江苏、浙江、福建、安徽、江西、河南、陕西、甘肃、四川、云南、贵州、湖北、湖南、广东北部及广西北部等省区。喜光，幼时稍耐荫，适应性强，对土壤要求不严，在酸性、中性、石灰性和轻盐碱土壤中均可生长。耐干旱瘠薄，萌芽能力强，耐寒力中等，耐强太阳光照射，耐高温、浅根性，以海拔400m以下者生长良好。抗风能力较弱。
参考资料来源：百度百科-崖柏
参考资料来源：百度百科-侧柏