进化论最大的缺陷是超自然现象。
在达尔文的《物种起源》当中，他提出了一个理论，认为有机体和器官都是在不断的发展的。并且还提供了一个测试来检验这个理论是一个伪理论：“如果我们可以证明任何复杂器官的存在，他们可能不是经过无数连续的细微修正形成的，我的理论绝对会崩溃。”
而从21世纪经过对细胞和分子生物学的不断深入研究发现，每一个细胞都不能通过达尔文的测试。因为每一个器官要想发挥功效，要依赖于复杂的生物结构。即使是生物大分子本身也具有不能逐渐增加的复杂性。
后来在1851年，他的女儿安妮去世之后，达尔文的信仰就减少了，并且比较倾向怀疑主义了。当他被问及他的宗教取向时，他指出他从来不是无神论，但不可知论是对他的心思更准确的描述。达尔文在自传里亦曾表示，福音书的真确性存疑，他也没有充足证据相信基督教是神的教义。
1951年的时候，一份美国报章第一次发表的作者不详的文章《The Lady Hope Story》，作者提出达尔文老年在病榻时再度信奉基督教，却被达尔文的子孙及历史学家否认。他的女儿表示，达尔文并未再信奉基督教，这只是那些创造论的拥护者为了宣传创造论而使用的一些手段而已。
进化论最大的缺陷是木村资生的中性进化理论。
木村资生的中性进化理论是达尔文进化论的第一次危机。达尔文进化论是优胜劣汰，然而，中性进化发现有很多碱基对的变化所带来的基因的变化是中性的：碱基替换后密码子不改变相应的蛋白编码。或者蛋白编码中氨基酸发生改变而不影响其生物学功能.总的来说,就是无利无害的变化。
进化论的问题主要在于科学界和一般民众认知的巨大脱节：许多普通人被坊间流传的各种谣言忽悠的以为进化论漏洞百出摇摇欲坠，而在正儿八经的学术界进化论的地位其实跟经典力学相对论啥的是一样一样儿的。
想要推翻进化论，最靠谱的方法是成为一个进化生物学家。虽然看上去可能有点诡异，但这的的确确是最佳途径。全世界聪明勤奋的进化生物学家们都在卯足了劲儿搜集证据试图找出进化论的毛病来加以修正，要是真找出了什么致命缺陷推翻了进化论，那分分钟就扬名立万成为能跟达尔文比肩的伟大科学家啦。
进化论是由英国生物学家查尔斯·达尔文乘坐贝格尔号舰作了历时5年的环球航行中，对动植物和地质方面进行了大量的观察和采集后，当时是对物种起源的一种猜测而提出的一种假说，如今进化论已为当代生物学的核心思想之一。
查尔斯·达尔文提出的进化论认为，所有生物物种是由少数共同祖先， 经过长时间的自然选择过程后演化而成。
然而进化论问世之后虽然震惊一时，但是也存在需要用进化论自身无法解释的缺陷，值得一提的1915年美国报纸曾发表过一份作者不详的文章《The Lady Hope Story》。
文章声称查尔斯·达尔文晚年重新信奉基督教，虽然此事遭到了达尔文的子孙及历史学家否认，但是依然被很多人作为反对进化论的宣传要点。
以现在的科学发展水平而言，进化论最大的缺陷主要有两项，分别是化石、自然选择理论的解释问题。
按照进化论的理论，生物进化是一个在环境的选择下，逐渐地发生改变的过程，因此在旧种和新种之间，在旧类和新类之间，应该存在过渡形态，但是迄今为止人们并没有找到这种过渡性化石。
此外即便是查尔斯·达尔文也始终无法找到一个合理的遗传机理来解释自然选择理论，根据达尔文提出的融合遗传“父方和母方的性状融合在一起遗传给子代”。
但是苏格兰工程师简金却提出一个优良的变异会很快地被众多劣等的变异融合、稀释掉的假说，认为优良变异无法像自然选择学说所说的那样在后代保存、扩散开来。
达尔文始终没有找到足够的证据来驳倒简金，最终只得承认其理论也是成立的，可以用来补充自然选择学说。
进化论最大的缺陷：缺少充足的证据。
进化论是达尔文的重要观点，他将这个观点写在了物种起源这本书当中，当然进化论也是有一定矛盾的，比如比较充足的证据，也不是在做实验或者怎样的过程中获得的结论。
按照进化论来看鸟类的前身是爬行动物，但是到底是如何演变的没有任何证据，现在的说法都是猜测。
最近生物学家发现了大量的化石，看着就像是过渡物种，但是并不能真正从根本上解答问题，最终科学家认为达尔文的进化论不能说完全错误，但是确实存在一定局限性的。
进化论被推翻三大理由：
1、比较解剖学
解剖学近些年也在不断发展中，随着不断发展和研究，人们对于进化论有了不一样的看法，因为两者之间是有一定矛盾的，没有准确的证据去证明这些，更多都是迷迷糊糊的感觉。
2、古生物学
假如进化论存在的话，那么物种肯定是有一个过度阶段的，但是在古生物学中缺乏基本过度阶段。
3、胚胎发育
胚胎发育还是具有一定规律的，比进化论更加严谨一些，进化论没有更多基础经不起推敲和琢磨。
寒武纪生命大爆发。
在达尔文的进化论提出之后，打破了上帝造人女娲造人等一系列的人类起源的传说，也解释了物种之间的相似性与差异性。 但进化论至今仍然不够完善，甚至可以说存在很多的漏洞。其中最大的漏洞就是寒武纪生命大爆发，就连达尔文也对此表示疑惑不解。
在1859年，达尔文提出了进化论学说，认为物种是经过时间的洗礼，从简单到复杂进化而来的，打破了深神造生物的传说。但严格的来说，进化论目前仍然只是一种假说，至今为止都没有任何的证据能够证明进化论是真理。而且很多东西根本就是无法论证的。
寒武纪大约开始于5亿4200万年前到5亿3000万年前，而寒武纪底层在2000多万年时间内突然出现了种类繁多的无脊椎动物化石，但最为奇怪的是在更为古老的地层中，却并没有发现其明显的祖先化石，也就是说这些生物就像是突然出现的一样，所以将此称之为寒武纪生命大爆发，至今仍然困扰着进化论的之称支持者们。