系统设计是新系统的物理设计。其主要任务是：确定系统的总体结构，选择计算机系统，设计模块，建立数据库和输入输出等。这里我们主要谈总体结构和模块设计。
一、项目管理信息系统的总体结构
1.设计原则
项目管理信息系统包含了计算机技术、网络技术、通信技术、数据库技术等几乎所有的尖端IT技术，它是非常庞大的综合应用系统。一步到位的开发设想与方程式计划往往是不现实的。只有在设计开发过程中采用模块化设计，才能有条不紊地完成整个系统的开发与研制，才有可能逐步实现地质调查项目信息化管理的功能。
项目管理信息系统的设计遵循先进性、实用性、开放性、稳定性、安全性和符合国际标准等原则。
2.技术路线
（1）采用Web Application Server。
（2）采用三层的体系结构，尤其是采用先进的国际标准。
（3）采用先进的交互式网上应用技术。
（4）采用互联网自动发布信息流。
（5）拒绝任何封闭的专用开发工具，避免由此引起的系统不兼容。
（6）跟随国际IT领先公司的技术发展路线。
3.系统结构
（1）终端/主机结构。一般适用于需要高度集中控制、安全可靠、业务确定性大、使用者自由度小的场合。
（2）客户/服务结构。是在微电脑使用十分普及、网络技术较成熟的背景下产生发展的，成本低，自由度大，适用于一般中小项目管理，已经得到广泛的应用。
（3）浏览/服务结构。是在Internet高度发展的基础上产生的。它实际上是客户/服务结构进一步发展，但它克服了客户/服务结构的弊病，适用于远距离连接，是目前最为先进、最为开放、最为灵活、使用最广和发展前途最大的系统结构。
二、数据库设计
数据库是项目管理信息系统的核心。数据库的设计包括两部分：一是逻辑数据库的设计，即根据数据库系统应用环境的特点和用户的应用要求，确定整个数据库的数据逻辑结构；二是物理数据库的设计，即确定其物理实现方法、数据存取方法及其他物理实现细节。对于选用商用关系型数据库管理系统的项目管理信息系统开发人员来说，数据库系统设计的主要任务就是进行逻辑数据库的设计。
三、功能模块设计
项目管理信息系统一般包含5个模块。
（1）预算管理模块。主要功能包括：
1）编制概预算表：根据项目性质分别建立甲类和乙类概预算表台账，项目按地形测量、地质测量、地质工程、工地建筑费和管理费等，乙类项目按劳务费、业务费、公务费、测试费和管理费等列支。同时，可以根据定额自动生成二次预算，对各项费用和取费基数进行统计汇总，进而形成概预算总表和分表。
2）定额维护与管理：根据地质调查单位自身特点和实际工作需要，通过建立定额台账，对不同的定额标准进行管理与维护。内容包括：以地质调查预算价格为基础，对定额主体、设备及材料等进行查阅和修改，对定额台账中各项费用编制价格表，并对定额编码进行维护。
3）预算分析：对各单项工程或手段费用进行汇总，进而生成预算总表、预算表和单项工程预算表，并对各项汇总数据进行技术经济分析。
（2）进度管理模块。主要功能有：
1）创建工作流程图。针对目前开展的地质调查工作，自动创建各专业工作流程图，并能够根据项目的具体特点，做适当修改和调整。同时，要确定设计审查、野外验收、成果审查和成果汇交的时间，以规范各类项目工作程序和关键过程。对于一个单位或一个地区地调中心来说常常有多个项目，为便于管理，要同时生成具有惟一标识性的编码，并且要求概预算管理生成对应的代码。
2）建立时间安排表。创建流程图只是一个概略性的计划，要落实工作部署，必须有严格的时间安排，输入必要的参数，系统会自动完成其余一切操作。根据项目组提供的每个阶段需要的时间和完成任务规定的时间，计算出每个阶段的最早开始时间、最早结束时间、最迟开始时间、最迟结束时间以及总工期，以便项目组实施和管理者控制。
3）生成甘特图。这种横道图是传统的网络图，系统会根据时间安排表自动生成。
4）实物工作量设计与跟踪。根据项目任务大小、工作周期、专业特点和经费额度，我们将采用不同的工作手段和方法，设计适应的实物工作量，以满足任务的要求。软件应该能够由技术人员设计工作量后自动生成实物工作量表格，并与经费概预算表关联起来，保证项目二者的一致性。同时，该项功能要便于平时的跟踪管理，以便及时发现存在的问题，指导下一步工作。跟踪管理的资料来源有两条途径：一是项目的月季报表，每月都要汇报完成的实物工作量；二是送样前都要进行登记，二者应分为不同的菜单，并能比较二者与设计书差距，如果没能按设计中工作安排完成相应工作量，系统能提醒管理人员和项目组引起注意并及时补充工作。
5）统计汇总。上述工作完成后，系统可以按设计、野外施工、野外验收、成果审查、资料归档、成果汇交和实物工作量完成情况逐项统计汇总，生成统一报表，完成统计工作。
（3）财务管理模块。主要功能包括：
1）建账。进行账目的初始化设置。包括设置科目、设置账簿、凭证分类、二次预算数和设置部门等。
2）制单。根据日常业务填制记账凭证，并对记账凭证进行审核。为简化操作，可以设置数据字典，自定义常用凭证。
3）记账。根据填制、审核后的凭证，自动登记录入账簿。对于账簿的数据，可以按总账和明细两种方式随时进行对账，特别是与二次预算经费逐项对比，如果某项费用超过二次预算数，系统将自动报警，不经过规定程序的调整，不能将超支费用记入该科目，以保证项目专款专用。
4）查询。针对会计工作当中大量的数据操作，采用多种查询方式。可以对记账凭证、账簿、科目余额进行查询，对于各项目和部门，还可以按部门查询部门明细账和部门汇总表。
5）出纳。完成出纳日常业务。包括登记现金日记账、银行存款日记账，定期汇给协作单位的经费和汇给各项目野外工作经费等。
6）系统管理。进行操作员管理，分配财务人员权限，设置财务人员工作口令，为系统使用的安全性保密性提供保障。
（4）质量管理模块。主要功能包括：
1）项目概况。快速了解项目名称、工作地区、起止时间、项目性质和经费情况。
2）质量记录。按立项、设计、施工、野外验收、成果审查、资料归档和成果汇交等7个环节，按不同专业的不同项目层次检索调用，查阅评审意见、修改意见、年度检查和质量评定等级。
3）执行的技术标准与规范。不同专业的项目在实施过程中都要严格执行相关技术标准、规范和操作规程，该模块要详细列出该类项目应执行的技术标准与规范，既方便项目实施人员执行，又便于管理者检查和竣工验收。
4）质量体系。记录、查看、管理质量管理体系，质量检查活动的时间、人员和存在问题。
（5）档案管理模块。主要功能包括：
1）选择项目：档案管理中，以某一工程为管理实体，在案卷编号时我们对案卷进行分项目、分专业实行统一的编码。案卷编码作为一条纽带，把所有的建设项目文档有机地串联起来。案卷编号可以参考地质资料归档办法。
2）文件证书：管理任务书、设计评审意见书、野外验收意见书、报告验收意见书和成果资料汇交证明等。对资源补偿费项目还应注意保存矿产勘查许可证，所有项目都应按要求保存电子文档，各类附图附表。
3）设计变更：本功能主要目的是处理项目实施过程中发生的变更档案信息，包括设计变更、经费变更和合同变更等施工记录。
4）施工记录：包括野外地质记录、实验测试记录和各种探矿工程记录等。
5）文档检索：主要为实现本系统形成的所有文档、图件和表格的智能化检索。