单从技法来说，琵琶要远远难于古琴，比如右手轮指、左右手配合、多声部等等，非常难，而且要戴义甲；古琴就容易多了，大部分比较舒缓，学几年就可以弹十级曲目，古琴强调的更多的是曲外的东西，比如艺术修养、对乐曲的理解等等。
从
修身养性这方面说，古琴更好，并且古琴是最具代表性、血统最纯正、历史最悠久的民族
弹拨乐器。古琴有几百首传统曲目（目前可以弹的），而琵琶只有几十首，大部分是当代创作、移植的。
至于
茧子，学古琴确实会在左手无名指指尖、第一指节外侧、大指外侧有少量茧子，右手虽用指肉（实际上是指甲和指肉）弹，但一般不会长明显的茧子；琵琶就不同了，琵琶在左手五个手指的指尖都会长很厚的茧子，如果坚持半年不弹，还是可以消下去的，呵呵。
我一开始就是学的琵琶，但是后来发现琵琶传统曲目太少，很有限，就开始学的古琴，感觉很好。楼主可按自己喜好来，不过我个人更推荐古琴。