我个人是的理解有限，不过看百科上的解答我觉得很不错，搬运过来。
祖先在这里称为工程师（Engineer）
下面有多种理解：
A 1：电影开始，被牺牲工程师喝下会让自己碎裂的剧毒，殊不知他的基因渗入地球生物的微细胞中，于是成为人类的源头。这段完全引用希腊神话中的设定。在希腊神话中，人类是由泰坦族先知普罗米修斯所创造，他教会人类知识，甚至偷火给人类用，因此成为罪人。而在本片里，人类是一个被处死的工程师的后代，是计划外的罪人之后，地球本来不应该有如此高智慧的种族、甚至拥有与“策划者”同样的基因，因此理应被消灭。事实上这整段故事也类似创世纪中伊甸园的设定，人类的始祖是有罪的，被从神殿放逐，往后世世代代背负着这些罪，并且寻求着答案、寻求重返神身边的方法。
A 2：有一种可能是，工程师发现地球人正在发展自己的文明，很可能会脱离掌控———就好比机器人大卫希望脱离制造他的人类的掌控一样，于是决定痛下杀手。
A 3：另一种可能，工程师是为了不让异形离开这个星球，由影片可知他们在离开星球前遭遇变故，工程师相继遇难，只剩头领休眠。他醒来后由大卫的话以及眼前枯木般的老人以为他们是为探寻不死秘密而来，势必会将一切发现的东西带走，看过《异形》系列的便知异形是难以除尽，繁殖迅速的。而事实确实如此，《异形》第一部中，人工机器人便是得了不惜一切代价带回异形的命令。(这个说法是无法成立的，工程师的最终目的就是为了将异形病毒带到地球，所以在最后关头普罗米修斯号才会撞毁飞船同归于尽，因此这工程师是不可能会因为害怕地球人带异形病毒回地球而杀死人类的，一定是另有原因。大卫应该并不是翻译了那老人的原话，而是要激怒工程师而说了另外的话，在老人死前老人说：“此行算是白费工夫时”，大卫说：“我知道，Weyland，先生你一路走好”。大卫其实早就知道是这样的结果，所以他一定是说了什么来激怒工程师，因为他已经厌倦了被Weyland控制的生活，他想要自由，所以他想要他的主人死，这些在之前大卫与Charlie Holloway和Elizabeth Shaw中的谈话中能看到一些端倪。最后，到底大卫和工程师说了什么恐怕只有导演雷德利·斯科特知道，或者，也许雷德利·斯科特本人都不知道大卫说了些什么，留下的只有观众无尽的想像……）
A 4：目前大家所看到的普罗米修斯的片源都是124分钟，其实还有另外37分钟，包括12个删减镜头与一个删减片头，其中在删减部分，也就是工程师醒来后到发怒杀大卫的中间有一个删节。这段对话内容大致如下：韦兰德：“你看看这个（指大卫），他是我们造出来的，我全身心的去创造他，让他变的完美。”工程师：“………………。”韦兰德：“可是，即使我能创造出他，可是我还是逃脱不了死亡（韦兰德造物主工程师是永生的），为什么？ 我们是神（这个我们指的是韦兰德和工程师），而神是不应该死亡的。”这段对白过后才出现工程师抚摸大卫并把大卫脑袋拧下来的镜头。这段话表明了两个东西，1、韦兰德自大的认为自己和工程师对等，工程师很愤怒。
2、异形也是工程师造出的东西，经过这个错误后，工程师讨厌这种并不是真正意义上的生命，这种人造生命，所以工程师听到大卫是机器人时，他怒了
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