如果你应用装在C盘的话是不会保留的，需要你重新安装。但是其他的系统的话，软件只要不要装在C盘都能保留下来的。
如果你电脑可以开机的话建议你用小鱼一键重装系统软件进行重装，三步就能够搞定系统重装，而且操作非常简单，电脑小白都可以轻松上手。这是最简单的方法，下面介绍复杂的方法：
如果不能开机的话用U盘装系统或者系统盘装。
U盘装系统：开启电脑，（台式机按住DEL，笔记本一般按F2），设置要装机电脑BIOS,在计算机启动的第一画面上按"DEL"键进入BIOS（可能有的主机不是DEL有的是F2或F1.请按界面提示进入），选择AdvancedBIOSFeatures。
2，将BootSequence（启动顺序）设定为USB-ZIP，第一，设定的方法是在该项上按PageUP或PageDown键来转换选项。设定好后按ESC一下，退回BIOS主界面，选择SaveandExit（保存并退出BIOS设置，直接按F10也可以，但不是所有的BIOS都支持）回车确认退出BIOS设置。也有的电脑直接按F8,F11等等也能直接调出来直接设置启动顺利的
3，设置完成后,将您制作好的U盘（用老毛桃或大白菜制作一个U盘启动盘，但是切记不要用老毛桃或大白菜的系统，他们的系统会修改主页且会在后台偷偷帮你下一些没用的软件，让系统很快就变慢变卡，可以到小鱼系统网站下载一个系统镜像，他们家的系统比较安全稳定,而且安全无毒，无恶意插件）插入USB接口（最好将其他无关的USB设备暂时拔掉）
重启电脑看看启动效果吧
4，进入第一个“运行windowsPE(系统安装）”默认的就是进入PE，里面还有另外的工具，在这里就不说明了，这就是PE系统了。开始里的工具好多，就不再给图列出了。
如果有自动安装的就选自动安装，那就只要运行自动安装或者一键装机这样的pe工具，然后选择你下载好的系统镜像就能自动进入安装程序，如果没有就要手动去安装了：
进入pe系统
点击桌面上的手动克隆安装图标（有时也会命名为Ghost32等）
出现的界面：点击ok，进入ghost
下图为进入ghost的界面
现在只介绍装系统的步骤：
依次点击：local—partition—fromimage
跳出的窗口如下：
在下拉的浏览列表中，选择你的gho文件的位置。最好将GHO文件放在根目录，这样容易找到，ghost软件对文件夹名为中文的，会出现乱码，然你看不懂。
选择好后GHO文件后，点击open，这里没什么好选择，直接点击OK
现在出现的窗口你就选择你要装的那个盘（看Size一般大的数据就是硬盘，小的就是U盘），选择硬盘，然后点击OK
出现如下窗口后，辨认你的系统要装在哪个盘，从size那一栏的磁盘大小数据辨认你的盘符，一般选第一个，是C盘，选中后，点击ok。
提示你是否真的要重装分区，想重装的，点击yes，不想重装的点击no。
完成上述步骤后，就会自动重装系统了。
系统盘重装系统：
电脑店都有买￥5－8一张)或者准备一个带PE的光盘，接着开机按下F12键或者开机按下DEL进入到BIOS中的boot启动项设置，设好第一启动项为光驱启动（一般是CD/DVD），放入光盘。保存设置后退出，重启后进入光盘，进入WINPE中，找到一个叫diskgenius的软件，打开这个软件，找到你的“硬盘”，选中你的硬盘，点右键，会弹出一个下拉列框，上面就有一个“重建主引导记录（MRB）”,你点击这个“重建主引导记录（MRB）”，然后就会弹出一个对话框，你点击“是”，然后弹出“任务成功完成”的对话框，你点“确定”，就可以修复主引导记录了。然后退出后运行一键重装或其他系统重装工具，电脑也就能够进行自动重装了，重装系统可以解决百分之九十五的问题。