企业内部控制信息系统建设应当以较为完善的内部控制体系建设为基础和起点。企业在开展内部控制体系建设的同时规划内部控制信息系统建设，一般采用以下四个步骤：
1.内部控制体系建立
企业根据内部控制规范体系的要求，结合业务现状以及相关业务流程，梳理企业内部业务流程、主要风险及控制点，制定相应控制措施，形成企业内部控制制度和控制文档，建立企业内部控制体系。
2.内部控制信息系统建设可行性分析
企业在建立健全内部控制制度和控制文档的同时，可以根据内部控制体系建设工作开展的具体情况，分析建立内部控制信息系统的必要性，比如，（1）内部控制体系建设是否已经基本形成，相关工作成果是否可以作为内部控制信息系统的基础数据；
（2）企业是否已经或正在建立信息系统建设整体规划，内部控制信息系统是否可以较好地融入企业信息系统建设整体规划中；
（3）企业中参加内部控制体系建设的相关人员是否已经经过比较全面的培训，对内部控制相关工作的认知度和接受度较强；
（4）内部控制信息系统的建设是否能够帮助相关人员提高工作效率，同时不会导致其增加额外的工作量；等等。
企业根据内部控制信息系统建设可行性分析结果，形成可行性分析报告，确定内部控制信息系统建设的基本模式和路线图。
3.对企业现有信息系统进行更新改造
内部控制信息系统建设涉及对企业现有信息系统的更新改造。企业根据内部控制信息系统建设可行性报告，结合企业现有信息技术水平和管理状况，完善对原有系统的更新改造，将内部控制体系建设对原有系统功能的相关改进在信息系统中予以实现。
4.全面建成内部控制信息系统
建立健全内部控制信息系统，通过内部控制信息系统与原有信息系统提取式和嵌入式的集成，实现内部控制信息系统的全面建设。内部控制信息系统从架构上应该独立于企业各个业务系统，其具体功能包括对企业内部控制制度和控制文档的管理与维护，并支持企业的内部控制职能部门对企业内部控制有效性进行测试和评估，从而实现企业内部控制工作的持续完善和优化。