绝大多数航空公司都对驾驶舱进行了改装，以便机组人员从内部锁定驾驶舱——这应该是抵御外国侵略者的最后一道防线，但如果威胁来自内部，航空公司就无能为力。根据目前的证据，坠毁的德翼空客A320客机机长在坠毁前被副驾驶锁在机舱外。调查人员听取了黑匣子里记录的过去30分钟的驾驶舱录音。前20分钟，两名飞行员的对话很正常。随后，飞机到达11000米巡航高度后，机长离开驾驶舱。这时，副驾驶鲁珀兹显然开始手动操纵飞机，使飞行高度迅速下降，最后撞上了山。在黑匣子的录音中，可以清晰地听到舱外有人不停地敲门踢门，喊着开门，但驾驶舱内没有任何反应。
法国马赛的空中交通管制员也发现飞机异常降低了高度，于是联系了该航班的飞行员，但没有得到任何回应。空中交通管制员还要求空域内的其他飞机尝试呼叫4u9525航班，但没有回应。直到坠机前的最后几秒钟，才听到舱内乘客的尖叫声。检方强调，在录音的最后10分钟里，除了正常的呼吸声和敲门声外，驾驶舱内没有人说话。此次坠机事件使得有必要重新审视航空公司内部运营可能带来的风险。
飞行规则的修订和飞行员的心理健康凸显了欧美驾驶舱程序的显著差异。美国联邦航空管理局规定，当两名飞行员中的一人进入乘客区时，要求一名空姐坐在驾驶舱内；然而，欧洲空中交通管制没有类似的两人规则。中国民航已下发紧急通知，要求各地区管理局和监管局严格检查航空公司两人规则的执行情况。中国民航已经规定，飞行中驾驶舱机组人员不得少于2人。
在美国，进入驾驶舱受到严格控制。乘客不得聚集在驾驶舱门附近。当驾驶舱门打开时，任何人都不能使用飞机前部的浴室。空姐通常会堵住过道，有时会堵住餐车。不过，二人规则的初衷并不是为了震慑或制止行为不端的司机。其目的是，在生病或突然失去功能的情况下，飞行员将不会独自在驾驶舱内。德国机翼坠毁事件也暴露了飞行员精神问题审查机制可能存在的缺陷。飞行员是一种技术含量越来越高的工种，经常要面对巨大的压力，但心理问题的发现却是一大难题。在美国，飞行员被要求在就业前接受身体和心理测试，然后随机接受药物和酒精测试。为了保持美国联邦航空局的证书，40岁以下的司机必须每年进行一次体检，40岁以后每年进行两次体检。美国联邦航空局表示，如果司机不报告或隐瞒信息，将被处以最高25万美元的罚款。