《三国演义》里说是曹操头疾请华佗治病，华佗说要做开颅手术，曹操认为华佗想谋害自己才把他杀了。
华佗做的曹操的私人医生，但不给曹操治疗，要治疗就要给华佗官当，就以妻子生病为理由跑回家，曹操屡次叫华佗不来，便派人去查看，并说如果他妻子真有病就赐小豆四十斛，宽假限日，如果是虚诈便把他抓起来。于是华佗谎言被揭穿，下狱。于是曹操对华佗很看不起。
作为一个医生，把为病人治病当作一个走上仕途的手段而故意拖延并以此为要挟，华佗此举实在是有损医德，是可称为无良医生，曹操对他看不起，当是在情理之中。 所以在华佗死后，曹操头风病虽然还是时时发作，但亦终不悔，并道：“佗能愈此。小人养吾病，欲以自重，然吾不杀此子，亦终当不为我断此根原耳。”此话一针见血，道出了华佗的心思和华佗被杀的原因。可叹华佗一代神医，医术固然一流，只是却欲与一代雄杰的曹操玩弄权术，未免过于小瞧了曹操。
由此可见，华佗虽然医术绝顶神通，只是为人实在不怎么地，竟然企图用病人的病来要挟，以此来实现自己走上仕途的愿望。只可惜最后机关算尽，反误了卿卿性命，非但身死，还连带着“麻沸散”和他精湛的外科手术至于就此失传，不然，要是流传了下来，中华医学或许还可以因此而填补一下外科手术的缺憾，现在却只余下他创造的健身“五禽戏”和一些阉鸡阉鸭的雕虫小技，并被走街穿巷的阉鸡匠人奉为祖师爷，着实令人扼腕叹息。
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在《军师联盟》中，一开始就讲述了曹操把华佗杀了的事，也是自这时起，弹幕上总是会应景地出现“悔不该杀那华佗哟”。在历史上，华佗的死也确实像电视剧中演的那样。