艾滋病病毒，但它来源于哪里？何处栖身？什么时候开始侵犯人类的？众说纷纭，有猜测，有推论，但目前尚未有一种说法得到科学界的公认，科学家们总结了几个版本，提出了几种假说，分为自然学说、医源说和人为说。
自然说认为：HIV是自然演变而产生的，在偶然的机会感染了人类。其中比较流行的观点是HIV来源于非洲的黑猩猩。
医源说认为：人类在生产小儿麻痹疫苗时使用了被污染的黑猩猩的器官组织，在疫苗接种时被人类感染。
人为说的观点不够统一，有人认为HIV是基因工种带来的灾难，还有人认为HIV是纳粹的残渣或者某个疯狂的科学家企图进行各族灭绝，建立“世界新秩序”的产物。
是黑猩猩惹的祸吗？
科学家们一直怀疑非洲黑猩猩与HIV有某种联系，但是却苦于没有找到足够的证据来证明这一结论。1999年2月，美国的一个研究小组声称他们找到了黑猩猩传播HIV的证据。在此之前，这个小组曾对一只偶然得到的黑猩猩的器官组织进行了研究分析，他们意外在这只黑猩猩的组织中发现了猴免疫缺陷病毒（SIV）。猴免疫缺陷病毒与人免疫缺陷病毒同属于灵长类免疫缺陷病毒。这些学者们认为SIV是HIV的祖先。这只帮助科学家解开谜团的黑猩猩来自于一个美军空军基地的灵长类动物中心。随后研究人员利用各种最先进的技术对组织标本进行了基因分析，分析结果发现，这只黑猩猩的病毒遗传基因与HIv的遗传基因十分相似。
后来又有人提出既然爱滋病病毒是产于非洲的古老病毒，为什么会在美国首先流行？而不是在非洲流行呢？一些学者提出病毒起源于美洲，非常是被传染的。如果两种病毒具有共同祖先呢？那就只能证明该病毒是个古老的品种。
自然学说：
人类的祖先起源于非洲，艾滋病病毒既然不是新生的病毒，那一定是最古老的病毒家庭中的一种，所以想到它起源于非洲也是很自然的。一旦外部条件成熟，病毒就可以暴发流行。
最早的爱滋病病毒感染是在1959年被发现的。医生对一名与非洲人有过接触、1959年死于英格兰的海员的冷冻血样测试中发现有HIV抗体存在。在挪威，医生对一名经常去非洲旅行的海员进行了血液回溯测试，接受检测的还有他的妻子和孩子，他们全部死于令人费解的免疫系统失灵，血液中HIV抗体都为阳性。海员最初出现症状是在1966年，他妻子和他的孩子分别是他感染后1－2年相继出现症状，十年后一家三口相继死去。
1983年初，当爱滋病在维多利亚湖以南出现时，它被称为“朱莉安那病”。一些妇女与乌干达商人进行易货贸易，用性服务交换有朱莉安娜图案的漂亮布料。数日后，这些妇女染上严重的腹泻，不久变衰竭死去。第二年，该地区主要的城镇的医院中发生了异常发问。1984年9月，数十名男女患者同一天到达医院，他们全部或直接或通过自己的丈夫从该城一名酒吧女那里染上了朱莉安娜病。直到1985年初，中央医疗中心才证实当地医生恐惧的正是爱滋病。当地人认为他来自乌干达。1985年2月，很清楚的存在着一种不寻常的病毒，被冠以人类免疫缺陷病毒（HIV）的名称。到1987年止，在一系列与扎伊尔比邻的中非国家都发现了爱滋病。还有更远的北部和西部马里。人类到目前为止仍无法明确解释爱滋病病毒的来源的具体位置究竟在何处。
科学家们虽然发现了HIV，但伴随而来的一系列问题使他们困惑不解。为什么黑猩猩很少被SIV感染？即使被感染也不会发病？人类是如何被感染上爱滋病的？病毒从哪里起源的？谁也不能断定。
医源学说
有一个争议性观点认为被污染的小儿脊髓灰质炎的疫苗有可能是引起瘟疫的源头，此观点源自1999年出版的一本叫做《追溯爱滋病和爱滋病病毒的起源》的书，该书提出了惊世骇俗的观点，吸引了众多者关注的目光，一些学者认为疫苗被污染的意外是可能的。因为在20世纪50年代医学界的确用过黑猩猩和猴的肾脏细胞做脊髓灰质炎的疫苗，这些疫苗有可能会受到污染。
为了进一步论证这个假说，科学家开始用实验来检验。用从1992年世界上剩下的一种脊髓炎口服疫苗进行检验，这些疫苗大约是1950年左右生产的，在世界三个不同的实验室同时进行的检测结果没发现SIV或是HIV病毒，通过实验的结论证实这种假说不攻自破，是没有依据的。究竟HIV是如何感染人类的呢？
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