锦鲤患肤霉病的原因，主要是捕捉、搬运时操作不小心，擦伤皮肤或因寄生虫破坏鳃和体表，或因水温过低冻伤皮肤，以致水霉的孢子侵入伤口而感染。当水温适宜时，15~25度左右3~5天就长成密集的菌丝体，感染数量很多时会导致病鱼的死亡。水霉全年都存在，秋末早春是流行季节。从鱼卵到各龄鱼都可感染、当孵化水温低时，在鱼卵上极易发生水霉病。
细菌性疾病： 皮肤发炎充血病 病因，患病的多为个体大的当年鱼和一龄以上的锦鲤，春末到初秋是流行季节可引起鱼类大量死亡。水温20~30度时最易流行，20度以下时，仍会出现少数病鱼，并不断死亡，这个温度范围也是鱼类生长的旺季，因此危害很大。当温度降至10度左右时此鱼病不再发生，可利用这个规律对病鱼进行温控治疗。
症状：皮肤发炎充血，以眼眶四周、鳃盖、腹部、尾柄等处较常见。有时鳍条基部也有充血现象，严重时鳍条破裂。病鱼鳞片通常完整，没有脱落。病鱼浮在水表或沉在水底，游动缓慢，反应迟钝，食欲较差。
赤皮病：出血性腐败病 病因赤皮病由荧光极毛杆菌PSEUDOMONAS FLUORESCENS引起鱼体受伤易患此病。春季和秋季是流行季节可引起鱼类大量死亡。此病与水质有密切关系溶氧量低、有机质含量高时易发生此病。
症状：病鱼皮肤局部或大部发炎充血，背鳍、尾鳍等鳍条基部充血，鳍条末端腐烂，口腔和肌肉正常。病鱼鳞片脱落，和皮肤发炎充血病的区别。特别是鱼体两侧及腹部最明显。
黏细菌性烂鳃病 ：病因由柱状纤维黏细菌，CYTOPHAGA COLUMNARIS，又称鱼害黏球菌MYXOCOCCUS PISCIOCOLA引起。锦鲤患病较少，只在水温20度以上即春末至秋季才会发病。鱼无任何外观异状而大量死亡。
症状：病鱼鳃丝腐烂带有一些污泥。有时鳃丝尖端组织腐烂造成边缘残缺不全有时在鳃的某一处或多处腐烂而不在边缘。鳃盖骨的内表皮充血甚至被腐蚀成一个略成圆形的透明区俗称“开天窗”。由于鳃丝组织被破坏病鱼呼吸困难常呈浮头状由此引起大量死亡。
白头白嘴病：病因由纤维黏细菌CYTOPHAGA SP.又称黏球菌MYXOCOCCUS SP.引起。锦鲤苗对此病很敏感是鱼种阶段主要病之一而大鱼通常不发病。刚开始时仅死亡二三尾次日便增至数十尾第三日便大批死亡发病之快来势之凶较为罕见。在水温20度以上即春末到秋季发病。
症状：病鱼的头部和嘴圈为乳白色，唇似肿胀，以致嘴不能张开而呼吸困难呈浮头状。有些病鱼颅顶和眼圈周围有充血现象，呈现“红头白嘴”症状。病鱼通常不合群。
竖鳞病：松鳞、立鳞，病因，竖鳞病由点状极毛杆菌PSEUDOMONAS PUNCTATA引起，主要危害个体较大的锦鲤，每年秋末至来年春季水温较低时是流行季节。
症状：病鱼体表粗糙，鳞片竖立，外观呈松球状，严重时眼球突出、呼吸急促、背部翻转过来以至死亡。鳞囊水肿，其内部积存着透明或含血的渗出液，如果在鳞片上稍加压力，就会有液体从鳞囊中喷射出来。病鱼沉于水底或身体失去平衡，腹部向上，最后衰竭而死。
打印病 ：病因打印病由点状气单胞杆菌点状亚种AEROMONAS PUNCATATA PUNCTATA引起主要是操作不当使鱼体受伤而感染致病。春末至秋季是流行季节主要危害一龄以上的大鱼
症状：病灶部位常在体侧的臀鳍上方肛门附近的两侧极少数在身体前部。最初皮肤发炎出现红斑随着病情的发展鳞片脱落肌肉腐烂病灶呈圆形或椭圆并有出血发红现象好像打上一个红色印章。严重时病灶部位的肌肉往往烂穿可见骨骼和内脏。病鱼身体瘦弱食欲减退游动缓慢终至衰竭而死。
穿孔病：洞穴病：病因，穿孔病由鱼黏球菌MYXOCOCCUS PISCIOCOLA引起，每年从9月到次年6月为流行期，它在水温较低时流行，是一种危害很大的传染病。原因多是体表受伤，尤其是用网捞鱼时产生的擦伤。
症状：初期发现米粒大小的白点，然后扩大。周围变红，病情恶化时鳞片脱落、露出皮肉而呈溃疡病症，从头部、鳃盖、背部、腹部、鳍部到尾柄均可出现病灶，其溃疡不仅限于真皮层，而且深及肌肉，严重时至骨骼和内脏酷似一个洞穴。
烂尾病 ：病因，烂尾病由柱状黏球菌引起，一年四季都会发生。整个尾鳍烂掉，病鱼仍活着，使锦鲤观赏价值降低。
症状：尾鳍鳞片脱落、发炎，肌肉坏死、腐烂，尾鳍基充血，鳍条散开成扫帚状，严重时整个尾鳍烂掉。病鱼的鳞片正常个别鳞片脱落。
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