公司不按时缴纳税款，税务机关可以依法作出处罚决定：1、罚款。(1)公司没有按时申报纳税的，可以罚款。根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十二条明确，纳税人没有按时申报纳税的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款;情节严重的，可以处二千元以上一万元以下的罚款。(2)公司没有按时缴纳税款的，也可以罚款。该法六十八条明确，纳税人、扣缴义务人在规定期限内不缴或者少缴应纳或者应解缴的税款，经税务机关责令限期缴纳，逾期仍未缴纳的，税务机关除依法采取强制执行措施追缴其不缴或者少缴的税款外，可以处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。2、没收违法财物和违法所得。这是行政处罚法常见的一种行政处罚方式，一般在税收处罚中较为少用，更多的体现为税收机关就未交或少交的税款加收滞纳金。3、停止出口退税权。事实上，当公司没有按时缴纳税款的，税务税务机关是有权根据实际情况，限制或免除已给予公司的税收优惠政策的，如不予退税、少退税、限制退税等。
罚款加滞纳金
按照税收征管法
滞纳金：第三十二条 纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。
罚款分为未申报和未缴纳两种：
未申报：征管法六十二条 纳税人未按照规定的期限办理纳税申报和报送纳税资料的，或者扣缴义务人未按照规定的期限向税务机关报送代扣代缴、代收代缴税款报告表和有关资料的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款；情节严重的，可以处二千元以上一万元以下的罚款。
未缴税：第六十八条 纳税人、扣缴义务人在规定期限内不缴或者少缴应纳或者应解缴的税款，经税务机关责令限期缴纳，逾期仍未缴纳的，税务机关除依照本法第四十条的规定采取强制执行措施追缴其不缴或者少缴的税款外，可以处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。