进化论和上帝造人、史前文明、智慧创造论的矛盾十分巨大。在科学发展中进化论比相对论、牛顿定律更为重要，因为它启迪了人类的思想，打破了神学的统治地位，科学更自由更开阔。
史前文明的说法默认在人类之前存在和人类相当或者更发达的史前文明，可是这一点是非常古老的进化观，也就是早期“阶梯式进化观”，认为生物的进化历程是从简单到复杂、从低级到高级、从低智商到高智商等等。
而达尔文进化论和现代生物进化理论强调的是自然选择，强调的是生物的适应性，而对某方面自然因素的适应方式是多种多样的，比如对寒冷的适应性，熊本来很抗冻还学会了冬眠，但人类选择了穿兽皮衣服还学会了烤火，相较之下比熊的适应范围更加广泛，且人类的食谱更杂，走到哪里、无论哪个季节都不怕没有吃的，所以一年四季都可以在外活动。
阶梯演化
在自然选择进化观之下，生物的进化是随机的，那么就几乎允许史前文明的存在，那样的话似乎在说明地球文明循环的，而主导文明的还是某种生物，岂不是说生物的进化有确定的归途？这就和以自然选择为基础的进化观相悖。
现代生物进化理论更加先进，以生物最基础的生命物质核酸为代表，可以确定生物之间的亲缘关系，因为核酸中有很多保守的序列在生物演化的过程中变化不是很大，可是其它的基因变化却十分巨大，就像同是作为哺乳动物的人类和猫科动物，猫科动物还只能四肢地上爬，靠吃生肉，人类却可以坐在办公室，直立行走。
辐射演化
现代生物进化论更趋向于生物的“辐射演化”，即某种生物获得了某种优势，在漫长的演化历史中演化为很多不同的物种。就哺乳动物而言，特征都是肺呼吸、体温恒定，2.3亿年前原始的哺乳动物就已经出现，在6500万年前那次灾难之后，恒温动物因为适应性更强而存留了下来，演化到如今成为一个庞大的生物家族。
人类和其它的哺乳动物有相似性，但是也有很大的差异，相似是因为有共同的“中心物种”，差异是由于经受不大相同的自然选择，这再次强调了生物进化没有确定的归途，这么多哺乳动物各有各的特点，各自在各自的生活环境中有最强的适应性。
史前文明的观点在生物学上已经站不住脚，而在现实的地球也缺乏证据。生物演化还有这么多的化石证据，可是史前文明的观点却没有确切的证据，无论是20亿年前的核反应堆还是5亿年前三叶虫化石上的脚印，其实都是自然生成，而文明的特点是可以利用自然界的物质创造出很多自然界原本不存在的事物，文明发展到一定阶段还会向宇宙索取资源。
可是如今并未发现过什么超越现代人类文明理解的史前文明创造的事物。所谓的史前文明仅仅是现代人类文明的早期阶段，处于晚期智人时代的人类先祖创造了一些具有文明属性的事物，比如壁画之类的事物，是很初级的艺术作品，或许还和古老的祭祀活动有密切的关联。
进化论是目前结合解剖学、组织胚胎学、分子学、遗传学、系统发生学等很多学科综合的产物，是人类顶尖科学家群体智慧的结晶，可不是谁一言就能定下来的，已经无法推翻。这样的理论体系已经超越了假说之类的东西，几乎可以确定就是事实，而这个事实排斥所谓的史前文明、上帝造人等学说，所谓的史前文明不过是心存幻想而已，没有证据链即便是说破大天也就那样。
人类起源于外星文明，达尔文的进化论被推翻？详细分析不合理之处