中国医学科学院基础医学研究所以其卓越的学术交流与合作闻名于世，享有国际国内的广泛赞誉。该机构众多专家在国际和国内知名学术机构中担任关键职务，彰显了其在学术界的崇高地位。作为合作平台，世界卫生组织（WHO）在该所设立了免疫学研究合作中心和遗传病控制中心，进一步增强了其研究实力。
众多学术机构如中国免疫学会、中国生物医学工程学会、中国解剖学会等，以及医学生化专业委员会如中国生化及分子生物学学会，北京生理科学会，中华医学会医学遗传学会等，都与该所保持着紧密的学术联系，共同推动着医学领域的前沿研究。
近年来，该所充分利用其人才和技术优势，取得了显著的科研成果。在基因诊断、单克隆抗体诊断试剂、基因工程药物、中西药物以及高分子材料等领域，均有突出的创新突破。与国内外二十多家企业建立了稳固的合作关系，积极申报和获得了多项发明专利，其中，用于眼角膜和皮肤创伤修复的重组人表皮生长因子滴眼剂和凝胶产品，凭借其创新性和实用性，获得了基因工程一类新药的认证，显示出其在实际医疗应用中的重要价值。
中国医学科学院（简称医科院）基础医学研究所（简称基础所）的前身为医科院的实验医学研究所（简称实研所）和基础医学组（1971年协和医大停办后于1973年建立）。 医科院是在原中央卫生研究院的基础上，于1956年8月创建的，1957年与始建于1917年的北京协和医学院合并，成为我国唯一的国家级医学科学学术中心和综合性科学研究机构，是新中国成立后一项重大调整和建设。两院合并不久，1958年2月，即在原有的10个学系的基础上建立了首批五个研究所， 其中就包括实研所。