助理工程师的工作部门因行业和公司的不同而异，可能在工程部、研发部、技术部、项目部等部门。
解释：
1. 行业与公司的差异导致部门不同：助理工程师是技术岗位的一种，其所在的部门会因所在行业的不同以及公司的组织结构和需求有所差异。例如，在制造业公司，助理工程师可能隶属于工程部；在软件开发公司，他们可能归属于研发部或技术部。
2. 助理工程师的主要职责决定其归属部门：助理工程师的主要职责是协助工程师进行技术设计、项目管理等工作。因此，根据其承担的职责不同，他们可能会被分配到不同的部门。例如，负责技术设计的助理工程师可能在研发部或设计部工作，而负责现场技术支持的助理工程师则可能在项目部或现场服务部门工作。
3. 其他部门也有助理工程师的存在：除了工程部等传统意义上的技术部门外，也有其他部门可能会聘请助理工程师来支持特定项目的进行。如市场部可能会聘请产品设计的助理工程师来协助新产品的市场调研和前期设计工作等。因此，具体在哪个部门工作需要根据具体情况来判断。
综上所述，助理工程师所在的部门因行业、公司以及个人职责的不同而有所差异，但主要集中在工程、研发、技术等相关部门。