1，职责不同
武警支队：为维护地区人民安全而设立的部门，用于维护地区人民正常的活动秩序，有别于警察，属于民兵组织。
军分区：主要负责辖区内的民兵、兵役、动员工作和预备役部队建设，有的还担负边防守备、城市警备等任务。
2，级别不同
武警支队：武警支队一般是正团级单位有的人数多的为副师级单位。
军分区：军分区是解放军编制，是正师单位。
3，管理体制不同
武警支队：武警双重领导的管理体制，不仅接受中央军委的领导，还接受国务院的领导。
军分区：一线式指挥的管理体制，实行单一的中央军委自上而下的垂直领导。
参考资料来源：百度百科_军分区
参考资料来源：百度百科_武警支队