秦朝的首都是今陕西咸阳。
今天的陕西省咸阳市是秦朝乃至当时整个中国的首都。当时秦始皇筑长城的最重要一个原因是防止北方民族攻入内地，保卫首都咸阳。在古代大城市咸阳市的南郊有一个小村庄，叫做长安村，秦朝灭亡后项羽火烧了咸阳的阿房宫，咸阳成为了一座废都。后来汉朝在咸阳的长安村一带发展起来，才慢慢发展成了古长安，再发展到今天的西安市的区域 。
【孝公迁都】秦孝公十二年(前350)，秦国大良造商鞅为了深化其改革，摆脱旧贵族势力的干扰，提议都城由雍城(今宝鸡市凤翔县境内)迁至新建成的咸阳城(今咸阳市渭城区境内)，得到秦孝公支持。次年，秦国正式迁都咸阳。至公元前206年秦朝灭亡，咸阳作为秦都共计144年。据考古发掘，秦咸阳城的中心位置位于今渭城区窑店镇牛羊村一带。