当车门被石子打出现小坑时，有以下几种处理方式：
1. 凹陷修复法：如果小坑没有露出底漆，可以采用凹陷修复的方式进行修复。这种方法可以有效地修复车门表面的凹陷，恢复车门的原始外观。
2. 粘贴车贴：如果小坑没有露出底漆，可以在受损部位粘贴车贴作为遮挡。这种方法可以有效地遮挡小坑，使其不那么明显。
3. 补漆笔或喷漆修复：如果小坑已经露出底漆，需要使用补漆笔进行修复，或者是通过钣金喷漆的方式进行修复。这种方法可以修复车门表面的漆面，使其恢复原有的光泽和颜色。
在进行修复前，需要先了解车门材料的特性和损坏程度，选择适合的修复方式。对于金属车门，建议选择钣金喷漆的方式进行修复，而对于塑料车门，可以采用补漆笔或喷漆修复的方式进行修复。在进行修复时，需要注意保持修复部位的干燥和清洁，避免二次污染和损伤。