遗传距离是一种用于衡量不同品种之间多个性状综合遗传差异的重要指标。在育种实践中，我们通常关注的不仅仅是单一性状，而是多个相关性状的改进。为了全面评估亲本品种之间的遗传差异，遗传学家引入了遗传距离的概念，它考虑了多个性状在基因型值层面的综合表现。
遗传距离的计算运用了多元统计分析的方法，它涉及到在多维空间中测量品种间的基因型值。具体来说，就是通过计算各品种在这些性状上的基因型差异，构建一个空间模型，其中每个维度代表一个特定的性状。在这个空间中，两个品种之间的距离越远，代表它们在这些性状上的遗传差异越大。
因此，遗传距离不仅仅是一个数值，它反映了品种间的遗传异质性，对于选择合适的亲本进行杂交育种，优化品种特性具有重要的指导意义。通过理解和应用遗传距离，育种者能够更有效地利用遗传资源，推动品种的改良和进化。
1910年，Morgen TH提出假设：假定沿染色体长度上交换的发生具有同等的几率，那么两个基因位点间的距离可以决定减数分裂过程中发生重组染色体的发生率，即重组分数。重组分数的数值将随着两位点间距离的增大而增大。它是构建物理遗传图谱的基础，也是利用连锁分析将基因序列从染色体上搜寻出来的位置克隆法的基础。人们规定同一染色体上两个位点间在一百次减数分裂发生一次重组的机会时，即Q=1/100时定义两位点间的相对距离为一个cM(centimorgan)。人类基因组平均遗传长度为3300cM，而DNA的平均的物理长度为30亿对。 染色体上各基因之间的交换率，即发生交换的百分比，是不同的。基因之间的距离不同，两个基因靠的越近，其间染色体交叉的机会就越少，因而基因的交换率越小，反之，交换率就越大。基因的交换率反映了两基因之间的相对距离。根据基因在染色体上有直线排列的规律，把每条染色体上的基因排列顺序（连锁群）制成图称为遗传学图(genetic map)，亦称基因连锁图(gene-linkage map )。