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蛇口码头客货运码头拥有陆域面积75万平方米，岸线总长4100米(其中客运岸线1050米)，拥有35个客、货运泊位的中国沿海大型综合性港口，港口年货物通过能力2000万吨，集装箱100万标箱，客运500万人次，成为珠三角及华南地区重要的海上门户。
福永码头1991年建成，1993年正式运行。由于深圳机场第二跑道和第三航站楼等扩建工程建设的需要，原有深圳机场福永客货运码头迁建至机场南侧，距新建的T3行站口约3公里，紧邻规划中的沿江高速公路。新港区建设规模为3个1000吨级多用途泊位和4个500吨级的客运泊位，目前开通深圳-香港、深圳-澳门航班。
赤湾码头于1982年8月动工兴建， 1983年10月建成一个1万吨级泊位并开港，1984年5月经国务院批准对外国籍船舶开放。港区现有泊位17个，其中集装箱专用泊位6个，码头岸线总长3176米。赤湾口岸是中国主要的散装化肥及粮油进出口中转基地之一，是深圳西部港口群中规模仅次于蛇口港，功能集铁路、公路、水路等运输方式为一体的大型综合性口岸。