日本不忌讳族内结婚和近亲结婚，但族内结婚并非结婚的一般准则。据《传说史》记载，瘟疫屡屡发生。钦明天皇十三年，瘟疫流行。敏达天皇十四年，日本发生流行病。民众倒地者颇多。据说，当时敏达天皇和苏我马子也感染了流行病而生疮。当时，人们将这种流行病称作瘟疫，主要包括疟疾、痢疾、痘疮、麻疹之类。后世将这种病称作稻目疮、赤疱疮。敏达天皇和苏我马子大概患的就是痘疮或者麻疹。
当时朝廷没有实施任何防疫措施，任其自然蔓延。在那个时期，流行病的肆虐程度超乎人们的想象。当然，那时已经有医师，也使用药剂，但仅限于贵族阶级使用。一般民众只能使用魔幻式的家庭疗法，因而死亡率很高。民众不得不面对天灾和人祸这两个敌人，为了寻求食物和安居之地，不得不远走他乡。当时的旅途极其危险。山上有狼、山蛭子。原野上有鹫和蝮蛇。
水畔也有危险。船在河里、海里经常遇难。葬身于野兽、鹫鸟、大鱼腹中的人不在少数。携带的粮食吃光后饿死、突发疾病而顿死的人也不少。在同一时代的和歌中，写行路病者和旅途中倒地而亡的很多。柿本人麻吕从赞岐国那珂港出航，临时停泊在狭岑岛时，看到枕在海滨的沙子上、听着惊涛骇浪而进入永眠的男子，赋诗一首。在难波津的一个三角洲中有一个姬岛。那里小松树丛生。在潮水退去时，河边工人发现一个美女倒在岸边的白沙中。
河边宫人非常悲伤，赋诗二首。在纪伊的美保浦，在大和的吉野川都有溺死的少女尸体，让同时代的诗人留下了挽歌。因为海洋中遇难船很多，而河上没有桥，溺死的人也不少。不难想象，不仅是海洋、河川，在陆路上也有很多死者。在当时的文学和记录中，这一点可以得到证实。在接近都城的香具山一面，思念家乡而死的旅人的尸体横在路上。在井冈山也有不知出身的饿死的人的尸体横躺着。龙田山也有半路而死的。
据说圣德太子见此场景，咏道："居家有妹做枕头，旅途以操当枕卧。"看到上述惨景，可以看出当时交通不便，社会生活也多有不便。在四天王寺，圣德太子搞贫民救济、扶养老人、施药等社会事业，这是有必要的。那个时期的社会组织非常简单，在官方层面只有官吏和农民这两个阶层；在个人层面传统的血缘及社会上的首长占据社会的上层，拥有足以与国司、郡司相抗衡的势力；农民分为良民和贱民两个等级。贱民受到非人的待遇，换言之被像禽兽一样对待，也就是说他们被视作物件。良民养着众多贱民，供自家使用。这样的贱民被称作奴婢。
他们有的也依附于权门势家，过着从属的生活，没有独立的家庭生活。皇族、贵族、寺院等都有若干奴婢依附。他们不能过独立的家庭生活，隶属于贵族，被给予加入贵族家族一员的资格。家族本来是通过血缘关系而结合在一起的。家长和家族的关系类似于父子关系，而没有血缘关系却被加入家族中的奴婢仅仅拥有社会关系，在习惯上总觉着有一些不合适。
因此，人们姑且将奴婢看作子女而列入家族成员之一，称他们为"家子"，在日本称作"yakko"，即奴隶名字的起源，与氏子有所不同。说到底，后世所说的"亲分子分"关系也只不过是这种习惯的残存。形成家族制度基调的就是婚姻。在日本古代各个时期，婚姻制度有所不同。在飞鸟宁乐时代，有很多族内结婚的实际案例。
譬如敏达天皇是钦明天皇和石姬皇女生的，却和钦明天皇与苏我坚盐媛生的推古天皇结了婚。二人的关系很明显是异母兄妹。永明天皇是钦明天皇所生，封钦明天皇与苏我小女君所生的间人皇女为皇后。这也是异母兄妹的关系。日本不忌讳族内结婚和近亲结婚，但族内结婚并非结婚的一般准则。当时也有很多族外结婚的案例。
传说上素盏鸣尊和栉名田比売的婚姻就是天神族和国神族的族外结婚。彦火火出见尊和丰玉姫命结婚属于天神族和海神族间的婚姻。鹈草葺不合命和玉依姬结婚既属于族外结婚，也属于近亲结婚。即便是原来以近亲结婚为原则的民族，由于殖民、移民的影响，也不得已进行族外结婚，呈现出相反的现象。这也是常有的现象，未必有前后之分，也没有主次之分。这样看问题应该没错。
在日本古代，族内结婚的数量要比族外结婚的数量多得多，并且近亲结婚一直持续到后世。在家族制度中允许近亲结婚。这种例子不少，值得关注。传说，仁贤天皇六年，日本派日鹰吉士到高丽聘请技术人员。其后，难波的御津有一个女人哭泣着说："是母亲的兄，也是我的兄，若草之吾夫。"哭声悲切，让人肝肠寸断。她这样哭也是情有可原的。
她是日鹰吉士的从者虫寸的妻子，叫饱田女，思念丈夫。虫寸的父亲是住道山寸，母亲是王作部鲫鱼女。在王作部鲫鱼女被强奸前，住道山村有一个妻子叫哭女，生出饱田女。哭女的父亲是韩白水郎叹，母亲是王作部鲫鱼女。在韩白水郎叹和哭女死后，住道山村强奸了王作部鲫鱼女，生下了虫寸。因此，虫寸对饱田女来说是兄——异母弟，对哭女来说也是兄——异父弟。在那个时代，异父母的兄弟姐妹结婚并非不可思议。其实这样的事例很多，受到一般民众的接纳。
尽管日本民族如此重视血统，但也有例子证明日本民族也不忌讳异种结婚。正如今天的美洲大陆是世界各民族无上的殖民地、各民族在那里通婚一样，古代日本群岛也有东南西北各民族移居。没有人有人种偏见。因此，人们对异种人、异族之间的通婚没有抵触，也没有任何忌讳。这些通婚并非是屈从于性欲而进行的，也不是好奇心所致，而是建立在充分的理解和爱情上。
就连重视血统的皇室也欢迎异族的女性。雄略天皇曾接纳百济作为采女而进献的池津媛。传闻在钦明天皇二十三年，大伴狭手彦将在高句丽俘虏的媛这个美人及其侍女送给苏我稻目。苏我稻目将两人都纳为妻子，让她们住在轻之曲殿。百济王子中娶日本女子为妃的不少。在日本军队逗留任那期间，日本士兵和任那妇女生了很多孩子。这些孩子称作韩子。
因为他们的抚养问题，屡屡发生诉讼。人们已经忘了朝鲜半岛民众和日本群岛民众本来是同一人种这一事实。之后产生异族观念，即便如此，日本人和朝鲜人也没有相互嫌弃，而是愉快地通婚。一般来讲，在任何时期、任何国家，移民时期、殖民时期的妇女的势力都是强大的。古代日本妇女缺乏导致人们从族内结婚切换为族外结婚。这也是重视妇女的社会地位的一个理由。
在神话中和原史中，妇女不仅在社会上有很高的地位，而且在知识和道德上也有超越异性的地方。这里有几个插曲。在吉备上道天下去任那期间，雄略天皇宠幸吉备上道田狭的妻子稚媛，听说此事后，吉备上道田狭出奔新罗。雄略天皇命吉备上道田狭之子吉备上道弟君和吉备海部直赤尾一起讨伐当时没有向日本进贡的新罗，但吉备上道弟君借故中止征讨，逗留百济。
吉备上道天下秘密遣使向吉备上道弟君说："你母亲被天皇宠幸，还生了孩子。祸及我身不远。你可以以百济为根据地反叛日本。我留在任那，不回日本了。"吉备上道弟君的妻子叫樟媛，非常忠义，以国事为重。听说此阴谋后，樟媛立即杀死丈夫吉备上道弟君，将他埋在室内，然后自己和吉备海部直赤尾等回国。由此可见，古代日本就有重义理轻人情的贞洁妇女。