溯源码用在商品防伪上，可以让商品信息更加透明化。但是在具体应用的过程中需要采取有效的方法防止溯源码被复制，避免为不法分子复制溯源码，并把贴有复制溯源码的假东西卖出去，反而适得其反。
目前了解到，为了解决溯源码易被复制/克隆的问题，有三种方法：
（一） 部分隐藏溯源码信息
这种技术称为“隐形码”或“暗码”，它是通过在二维码标签上再印一种不透明的油墨，以遮挡住二维码的部分信息。用户在验证时可用指甲或其他硬物刮掉这层不透明油墨后才能看到和扫描全部二维码信息，以达到防止有人在用户购买商品前扫描复制二维码信息的目的；刮开后的二维码标签即告失效。
（二）扫码次数限制
云端系统记录每个溯源码被扫描验证的次数，系统只保证首次扫描者为真，二次或以上者则向用户提示该溯源码被扫描的累计次数，以此向用户警告该溯源码有可能被复制/克隆。
以上两种方法虽然可加大造假者的成本，但仍无法消除造假。除使得标签制作复杂化以外，其带来的最大麻烦是不允许标签被多次扫描验证。因为一个商品的流通过程是复杂的，其中可能涉及原厂、大批发商、小批发商、零售商、电商和消费者等多个环节，每个环节都有验真识假的需求，隐形码技术事实上只允许其中一人验证，这使得该技术无法保护商品流通环节各个商家的利益。当商品作为礼品馈赠物时，购买者若刮开标签验证，受礼者再验时就变成了疑似假货；反之，若购买者不验，则无法判断真假，受礼者就有可能收到假货。
（三）纸纹防克隆技术
“纸纹防克隆技术”（PUT，PaperPrint Unclonable Technology）是“物理不可克隆技术”中最热门的分支之一，是利用纸张纹理结构唯一性的PUF技术。“物理不可克隆技术”（PUF, Physically Unclonable Functions）是目前国际上最为前沿的防伪科技之一。它的基本原理是将物体本身的某种唯一物理特征信息作为物体的身份信息，并利用AI技术自动识别这个唯一物理特征信息以达成准确识别物体的目的，PUF可广泛应用于司法鉴定和防伪领域。
把纸纹防克隆技术应用在溯源标签上，可以将纸质溯源标签的二维码与标签纸张的纤维纹理特征信息相结合，二者共同构成溯源标签的数字身份证，可在不改变编码、印刷和验证流程的前提下完美解决溯源码容易被复制/克隆的难题。消费者用手机扫一扫，即可同时完成溯源码和纸纹的鉴别，用户即刻获得“真”或“假”的验证结果。