商家不能开增值税专用发票的原因是，当事人是个人，要求商家开增值税专用发票，根据现有税制，商家不能开；商家是个小规模纳税人，当事人是企业，要求商家开具增值税专用发票，商家不开。（小规模纳税人不能开具专用发票，但可以到税务机关代开）。
增值税专用发票是由国家税务总局监制设计印制的，只限于增值税一般纳税人领购使用的，既作为纳税人反映经济活动中的重要会计凭证又是兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明；是增值税计算和管理中重要的决定性的合法的专用发票。
实行增值税专用发票是增值税改革中很关键的一步，与普通发票不同，不仅具有商事凭证的作用，由于实行凭发票注明税款扣税，购货方要向销货方支付增值税。具有完税凭证的作用。
《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十一条 纳税人发生应税销售行为，应当向索取增值税专用发票的购买方开具增值税专用发票，并在增值税专用发票上分别注明销售额和销项税额。
属于下列情形之一的，不得开具增值税专用发票：
（一）应税销售行为的购买方为消费者个人的；
（二）发生应税销售行为适用免税规定的。
第二十二条 增值税纳税地点：
（一）固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税；经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
（二）固定业户到外县（市）销售货物或者劳务，应当向其机构所在地的主管税务机关报告外出经营事项，并向其机构所在地的主管税务机关申报纳税；未报告的，应当向销售地或者劳务发生地的主管税务机关申报纳税；未向销售地或者劳务发生地的主管税务机关申报纳税的，由其机构所在地的主管税务机关补征税款。
（三）非固定业户销售货物或者劳务，应当向销售地或者劳务发生地的主管税务机关申报纳税；未向销售地或者劳务发生地的主管税务机关申报纳税的，由其机构所在地或者居住地的主管税务机关补征税款。
（四）进口货物，应当向报关地海关申报纳税。
扣缴义务人应当向其机构所在地或者居住地的主管税务机关申报缴纳其扣缴的税款。
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