其实这两个专业基本差不多，一般都属于会计系或会计学院。
主干课程基本一样，在此基础上加强一些方面。
注册会计师全称应该是注册会计师专门化，就是在会计学的基础上加强注册会计师应具备的知识，有些院校可能直接就用注会考试的教材。
但这专业毕业不等于就是注册会计师了，一样要参加注会考试，不过一般来说通过率要高一些，学的就这些嘛。
注会考试难度大，但执业的收入未必就一定高，别听行外人瞎起哄，现在这职业风险高，压力大，收入并不高，只剩下吓人的头衔了，近年来这证书也越来越不值钱，大多数人考证是为了证明自己的能力，以便在企业中谋得更好的工作。
这专业的毕业去向是：会计师事务所、企业、国家审计机关，考研等。
审计专业的核心内容一样是会计，在此基础上加强审计的内容，这里的审计包含社会审计（也就是注会干的事）和国家审计（国家审计署干的事）还有内部审计（大公司的内审部门），也就是说审计的范围更广，但在社会审计上深度不如注会。难度也低一些。
毕业去向是：企业（包括财务部门或内审部门），国家审计机关、会计师事务所，考研等。
一般来说，注会专业因为顶着个吓人的头衔，录取线比审计要高。但实质内容差别不是别特大，建议主要看院校，哪个院校的会计专业强就选哪个。 或者喜欢哪个学校选哪个。
另外，可以参考我其他关于注会的回答
http://zhidao.baidu.com/question/190537282?&oldq=1其他回答都是外行人，包括那个网友采纳答案。要擦亮眼睛！