酸雨会对森林植物产生很大危害。酸雨损伤树叶，阻碍植物的光合作用，使树叶枯黄脱落。全欧洲约有14％的森林受酸雨危害，德国高达50％。德国人常自豪地称自己的国家为“黑森林王国”，可是由于酸雨肆虐，现在黑森林已变成了黄森林，墨绿的树叶泛黄脱落，很多树冠完全脱光，只剩下光秃秃的枝，在凄风苦雨中呻吟挣扎。所以，德国人把酸雨称作“绿色的鼠疫”。美国的世界观察研究所在一份研究报告中指出，因酸雨引起的世界范围的森林毁灭，就木材的损失估计，每年超过100亿美元。
根据国内对105种木本植物影响的模拟实验，当降水pH值小于3.0时，可对植物叶片造成直接的损害，使叶片失绿变黄并开始脱落。叶片与酸雨接触的时间越长，受到的损害越严重。野外调查表明，在降水pH值小于4.5的地区，马尾松林、华山松和冷杉林等出现大量黄叶并脱落，森林成片地衰亡。例如重庆奉节县的降水pH值小于4.3的地段，20年生马尾松林的年平均高度生长量降低50%。重庆南山风景区约3万亩马尾松发育不良，虫害频繁；20世纪80年代约有1万公顷马尾松枯死，几经防治，毫无效果。四川万县有华山松97万亩，其中60万亩受到不同程度伤害；而奉节县有9万亩华山松，90%枯死。四川名胜峨眉山，风景绮丽，全靠山深林秀。但近10年来，冷杉林成片死亡；七里坡接引殿一带，有4%的树木枯死；金顶附近600亩树林几乎全部死绝，光秃秃，景观全非。
酸雨对森林的影响，在很大程度上是通过对土壤的物理化学性质的恶化作用造成的。在酸雨的作用下，土壤中的营养元素钾、钠、钙、镁会释放出来，并被雨水淋溶掉。所以长期降酸雨会使土壤中大量的营养元素流失，造成土壤中营养元素的严重不足，从而使土壤变得贫瘠。此外，酸雨还能使土壤中的铝从稳定态中释放出来，使活性铝增加而有机络合态铝减少。土壤中活性铝的增加，会严重地抑制林木的生长。
酸雨会抑制某些土壤微生物的繁殖，降低酶活性。土壤中的固氮菌、细菌和放线菌等也明显受到酸雨的抑制。酸雨还可使森林的病虫害明显增加。在四川，重酸雨区的马尾松林的病情指数为无酸雨区的2.5倍。
酸雨对我国森林的危害主要是在长江以南的省份。根据初步的调查统计，四川盆地受酸雨危害的森林面积最大，约为28万公顷，占有林地面积的32%。贵州受害森林面积约为14万公顷。根据有关研究显示，仅西南地区由于酸雨造成森林生产力下降，共损失木材630万立方米，直接经济损失达30亿元。对南方11个省的估计，酸雨造成的直接经济损失可达44亿元。
现在大多数专家认为，森林的生态价值远远超过它的经济价值。虽然对森林的生态价值的计算方法还有一些争议，计算出来的数字还不能得到社会的普遍承认，但森林的生态价值超过它的经济价值，这一点，几乎已达成共识。根据计算结果，森林的生态价值是它的经济价值的2～8倍。如果按照这个比例来计算，酸雨对森林危害造成的经济损失是极其巨大的。