《丢失增值税专用发票已报税证明单》申请开具流程：
(一) 申请。纳税人携带上述资料到办税服务厅申报征收岗申请开具丢失增值税专用发票已抄报税证明单。
（二）受理审核。办税服务厅申报征收岗受理审核纳税人提交的资料。符合条件的，当场受理办理。纳税人提交纸质资料不全或者填写内容不符合规定的，一次性告知纳税人补正或重新填报。
（三）开具。纳税人提供资料符合条件的，办税服务厅申报征收岗即时开具丢失增值税专用发票已抄报税证明单。
发票因丢失，再重新开具发票
1、一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证；
2、如果丢失前未认证的，这种情况的增值税发票丢失怎么办。购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发已报税证明单》，经购买方主管税务机关同意后，可作为增值进项税额的抵扣凭证。
3、一般纳税人丢已开具专用发票的抵扣联，这种情况的增值税发票丢失怎么办。如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票联复印件留存备查。
4、如果丢失前未认证的，可使用专用发票的发票联到主管机关认证，专用发票的发票联复印件留存备查。
5、一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，这种情况的增值税发票丢失怎么办。可以将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查
扩展资料：
正常情况下，增值税专用发票开具后，购买方将持有发票联和抵扣联，发票联作为核算采购成本和增值税进项税额的记账凭证，抵扣联作为报送主管税务机关认证和留存备查的凭证，销售方则持有记账联，作为核算销售收入和增值税销项税额的记账凭证。
如果购货方丢失抵扣联，可继续完成发票查询系统发票勾选确认或使用发票联认证，并将发票联复印件留存备查。
如果丢失发票联，则应将抵扣联作为记账凭证，抵扣联复印件留存备查。
如果两联均丢失，购买方应向销售方请求提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，通过发票查询系统确认或使用记账联复印件认证后，作为增值税进项税额的抵扣凭证，并留存备查。
参考资料：百度百科——增值税发票
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