冯祖荀先生在学术领域有着显著的贡献，他的主要论著集中在数学研究上。早期，他在1919年的《学海》杂志上发表了一篇关于三次方程式根性质的图象研究，详细探讨了这一数学问题，文章的篇目为《冯祖荀：以图象研究三次方程式之根之性质》，刊载于该刊1919年的第1期，129至130页。
接着，冯祖荀深入探讨了微分方程式论，他的相关论文在1920年至1923年间，陆续在由北京师范大学校数理学会编辑发行的《数理杂志》上发表，具体包括2（2）期、3（1，3）期以及4（2）期的内容，显示了他在微分方程领域的深厚造诣。
此外，他还在1920年的《国立北京大学自然科学季刊》上发表了《论模替换式之母》一文，对模替换式的理论进行了独到的论述，该文发表在该刊第2卷第1期的第14页，为当时的数学理论研究增添了新的视角。
关于冯祖荀的学术生涯，还有些参考资料可供参考，如丁石孙、袁向东、张祖贵合著的《北京大学数学系八十年》中，对他的学术贡献有所详述，该文发表在1993年的《中国科技史料》第14卷第1期，74至85页。而萧超然等人的《北京大学校史（1898-1949，增订本）》提供了关于冯祖荀学术环境的更全面的历史背景，这部著作由北京大学出版社于1988年出版。
冯祖荀，数学教育家。中国现代数学教育的早期代表人物之一。1911年以后，多次担任北京大学数学系主任，对在中国传播现代数学知识有重要贡献。