《独行月球》的隐藏彩蛋如下：
1、沈腾马丽CP梗
在观众印象中沈腾马丽二人合作了很多次，但一起拍长片的机会并不多。此次共同拍摄《独行月球》，也是他们继7年前《夏洛特烦恼》后第二次拍长片。“沈马”CP粉们也是嗑糖不易。
在《夏洛特烦恼》里，沈腾饰演的夏洛嫌弃自己的CP，即马丽饰演的马冬梅。这次二人也是位置对调，沈腾疯狂暗恋马丽，让人笑中带泪。
两个人的角色名字也暗含了CP梗。沈腾饰演的角色名为独孤月，正是他被独自留在月球上的写照。马丽饰演的角色叫马蓝星，代表的就是地球。月球一直围绕地球转动，就像独孤月一直被马蓝星吸引。
2、客串演员都是惊喜
除了沈腾马丽，《独行月球》还有一些演员惊喜出演。《误杀》《唐探3》中出现过的小女孩张熙然在片中客串了一个角色，出演她哥哥的是《隐秘的角落》中严良的扮演者史彭元。
更喜感的是黄子韬的客串。地球毁灭后，他只能蜗居在地铁一号线，从一线艺人变成了一号线艺人，而且还脱发秃顶，自嘲是“火云邪神”。
他的著名梗“不会轻易地狗带”也在电影中重现。
3、吴京躺枪
在《独行月球》中，吴京也逃不过被当成梗的命运。地球毁灭后，吴京成了“失踪演员”。沈腾饰演的独孤月在太空中行进，很容易让人想起吴京出演的《流浪地球》，于是台词也故意调侃说真像“失踪演员吴京演过的《杀破狼2》”。
独孤月最后为保护地球孤身奋战的样子确实很像吴京在《流浪地球》中的桥段。终于，沈腾也像吴京一样当了回英雄。
4、联动麻花
令开心麻花团队及沈腾、马丽被观众所熟知的无疑是7年前的《夏洛特烦恼》。《独行月球》里，麻花团队也自己cue自己，而且还使用了万恶的谐音梗——不要下落，因为下落特烦恼！
5、致敬科幻经典《2001太空漫游》
独孤月在月球上遇到了一块黑色石碑，写着“宇宙最后的人类”，这块黑色大石头也是有典故的，来自于库布里克的科幻经典电影《2001太空漫游》。
《2001太空漫游》拍摄于1968年，其制作水准及对宇宙世界的想象堪称先锋，外星文明、人工智能、太空旅行、虫洞穿越等都用影像一一展现，即使放到今天来看也并不过时。
几十年来，这部电影也为无数科幻创作者提供了灵感，大导演诺兰、《三体》作者刘慈欣等都称受到过启发。这次《独行月球》也是向科幻经典再次致敬了。
此外也有一些观众觉得沈腾在太空中穿宇航服的样子很像《2001太空漫游》。宇航服的颜色、构造确实很相似，也可见这部科幻经典的影响力之大。
6、致敬阿姆斯特朗登月
片中不少场景都发生在月球上，所以也用了不少梗来致敬第一个登月的人类阿姆斯特朗。最明显的就是他在月壤上留下的脚印，最后还被玩滑板的独孤月不小心擦掉了一半。
此外阿姆斯特朗说过的“自己的一小步，人类的一大步”也作为标语出现在了电影里。