在公共场所共用马桶时，有可能会传染上某些传染病，特别是淋病、尖锐湿疣等性病，这一类疾病的病原体喜欢在潮湿的环境中生存，公共场所的马桶不容易保持清洁卫生，因此，当患有性病的人用过马桶之后，后来的人在使用马桶就有感染的可能性，但是这需要马桶被性病或皮肤病患者使用过，并且在马桶坐垫上留下了分泌物，而且分泌物中还需要有足够量的致病微生物，再有就是后来使用者的皮肤有破溃出血并接触了这些病原微生物，在病人免疫力低下的情况下，才有可能被传染上，因此，在公共场所共用马桶时，传染疾病的概率很小。
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