96集 走头无路的名侦探!连续两大杀人事件
剧情简介：九十九七惠通过妃英理的介绍来到毛利侦探事务所，她拜托小五郎帮她重新调查丈夫著名魔术师九十九元康的死因，一行人来到九十九家中，见到了元康的三个学生真田一三 、三好麻子和白地裕士，简单的照面之后，他们来到元康的死亡现场——地下室，柯南仔细进行现场勘查，发现了电话上一串奇怪的数字，期间，小兰对柯南起了疑心，而暗中观察他，但柯南毫无意识。
114集 有氧潜水杀人事件（前篇）
剧情简介：小兰为了让她父母亲之间的感情有机会复合，便策划了一场海滩之旅，大家在这里认识了几名大学生，但其中一个叫贵和子的女生在潜水的时候被海蛇咬到而有生命危险，之后，小兰回想起自己看到的海蛇身上有两个小翅膀一样的东西，然而这个看似意外的事件，其实是有人蓄意操作。
115集 有氧潜水杀人事件（后篇）
剧情简介：贵和子的未婚夫雅彦打来电话希望朋友们可以把保险证送到医院，于是，一群人便驱车赶往医院，途中柯南从小兰和她妈妈妃英理的谈话中得到启示，赶到医院时贵和子还没有脱离危险，柯南麻醉小五郎后，让大家来到院长室将整个案件的来龙去脉详细分析，并找出了蓄意谋害贵和子的凶手。
171集 黑暗中的死角（后篇）
剧情简介：当新出医生得知来取健康检查结果的小五郎，就是传说中的大侦探之后，便邀请小五郎，小兰和柯南留在他家里吃便饭，但在饭前却突然停电，来电之后，大家在浴室里发现新出医生的尸体，同时，在浴缸里还发现了一把刮胡刀，乍一看像是因为触电而死的意外事件，但在柯南看来却是一场有预谋的杀人案件。
199集 嫌疑犯毛利小五郎（前篇）
剧情简介：某天，小说家任太朗的女儿香保里来到小五郎的事务所，拜托他找两个月前留下纸条就突然失踪的父母，可奇怪的是任太朗每个星期连载的小说却会按时传真到出版社，于是，柯南一行人赶到出版社，看到任太朗的原稿后，大家找到了几点难以理解的部分，然而这些就是拯救任太朗的主要线索，柯南从小说中读出了任太朗留下的消息，但歹徒的目的到底是什么？
200集 嫌疑犯毛利小五郎（后篇）
剧情简介：柯南，小兰和小五郎一行三人到饭店避暑，正巧在这里碰到了和其他律师一起来这里度假的妃英理，当晚为了找寻酒醉未归的小五郎，竟然发现了死在密室里的律师律子，然而糟糕的是，小五郎竟然就睡在这个房间里，于是小五郎就以案件重要关系人的身份被带回了群马县警局，佐久作为辩护律师一同前去，而柯南和妃英理等人则留在现场进行调查。
306集 看不见的嫌疑犯（后篇）
剧情简介：柯南在垃圾桶里发现了被丢掉的便签纸，客房服务员也说自己曾在门外发现了一张写有奇怪内容的字条，这时，警方说在凶器电话线上发现了小五郎的指纹，案件的侦破进入了死胡同，凶手到底是谁呢？妃英理随意的一句话提醒了柯南，没错凶手就是那个人！得知了真相以后，柯南、妃英理和警方联手将凶手引入到他们设下的陷阱之中。
333集 相似的公主（前篇）
剧情简介：小五郎等人乘坐BONNET公交车，来到一个叫“影秋村”的地方，中途上同车的村民奥村喝了自己带的茶后死亡了。小五郎和柯南自动在“影秋村”展开搜查。村民们就是否交给警察调查与警方发生了冲突。原来村民就是否将卡扭车作为观光车分成了两派而奥村作为反对派的代表同村长为代表的赞成派一直有冲突。
334集 相似的公主（后篇）
剧情简介：小兰发现“影秋村”的村长船木也被杀害。柯南发现矢部账户每月固定打入的汇款，在询问了驹井关于7年的事故之后确定了这次的杀人事件与七年前BONNET公交车发生的事故有关。在拜托教授调查了事故之后柯南发现凶手的身份并发现凶手欲重演悲剧，他独自登上观光车与犯人对峙阻止了悲剧的发生。
431集 本厅刑事恋爱物语7（前篇）
剧情简介：柯南他们在一家新开的饭店吃饭时，碰巧遇到了参加联谊的高木和佐藤警官，然而，在联谊进行的同时，参加者江本彩的五岁表弟浩太被人绑架，根据彩和她弟弟将史的说法，警察将目标锁定在将史的三个朋友之中，可是，经过一一调查却并没有发现有何异样，难道犯人不在他们之中？
445集 俄罗斯蓝猫的秘密
剧情简介：为了谨慎起见，佐藤拜托目暮警官分别派人监视这三个可疑人士，就在大家担心浩太，而不知如何是好时，浩太居然从外面回来了，看着平安无事的浩太，大伙儿悬着心终于放下了，可是人质虽然回来，还是不知道犯人是谁，佐藤主张一查到底，可将史却不愿再追究下去，这时，高木警官注意到了脚底湿漉漉的浩太，询问之后，他便一人冲了出去
489集 法庭的对决Ⅲ 目击者是检察官
剧情简介：竹内先生因为肇事逃逸而被检察官拘留，可妃英理认为竹内既然是自首并主动承认罪行应该有被保释的权利，之后，柯南和小五郎经过调查发现撞人的可能是竹内的妻子，于是，妃英理以此为筹码再次要求放人，可没想到的是竹内才被保释出狱，他就在自家阳台跳楼自杀，而目击证人正是九条检察官，为探寻真相，柯南和小五郎重返案发现场…
505集 律师妃英理的证言（前篇）
剧情简介：小五郎带着小兰和柯南一起去美容院接妃英理吃饭的途中听到了奇怪的声音，停车后，他们发现格斗家永作司朗的尸体躺在垃圾堆中，警方立刻赶来调查，他们发现死者的脖颈部位有许多细小的毛发,由此推断永作司朗死亡之前可能在剪头发...
506集 律师妃英理的证言（后篇）
剧情简介：在前去附近便利店调查的时候，柯南发现路标柱子有擦痕并且在其旁边还有少许堆积成圆形的垃圾，虽然便利店的店员证明叶坂皆代曾在案发时来过这里，但此时的柯南已经可以肯定凶手就是她！之后，柯南又通过确认公路护栏细长的纹路证实了自己的想法，他借小五郎之口让高木警官重现凶手的犯案手法...