元朝对中国的最主要影响在于元朝根据蒙古部落的万户长制度改进而创造的行省制度， 把全国各地从原来模糊的州县重新规划为便于管理的省份和市，后来这个制度在明朝延续并且在清朝完善沿用至今。
另外，元朝因为和四大汗国在早期有比较亲密的关系，特别是和西亚由元朝开国皇帝忽必烈亲兄弟统治的的伊利汗国和中原的元朝关系比较好，两地的人民不断贸易和交流，同时伊尔汗国还带来了欧洲和非洲的商人和旅客，促进了东西方经济和文化交流，导致如新式火药，印刷术等当时世界最先进技术从中国外流的欧洲，从而促进了欧洲文艺复兴和资本主义的萌芽。
最后，虽然说中国如今的版图和民族结构主要是清朝确立的，但是元朝在早期的军事扩张确立了如今中国幅员辽阔，横跨东亚和中亚地区的大国地位，元朝初年把以往统治松散的西藏，新疆，云南，甘肃，青海，内外蒙古等地区加强了中央统治，让当地人民更加融入中原汉族，为以后清朝继续开疆扩土和中国如今对中亚地区和西藏地区的统治确立的历史依据和现实基础。
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