航天员在太空中可能会遇到的危险有：
1、密封舱或（太空行走时）宇航服被太空垃圾击破，导致氧气泄露。
2、太空舱出现故障，导致航天员无法维持生命且等不到救援。
3、发射返回过程中，运载火箭或飞船故障，导致发射或返回失败（飞船解体、爆炸、降落伞没有打开、没有发射到预定轨道出现重大偏离无法返回。）
4、不排除被宇宙高等级生命体攻击。
5、可能会遇到宇宙辐射。这方面最大的威胁来自太阳的耀斑爆发。这是太阳大气局部的剧烈爆发现象，会瞬间释放电磁辐射，能在几分钟到十几分钟内释放1020～1025焦耳的巨大能量，相当于上百亿颗巨型氢弹同时爆炸。
保障健康：
失重是航天员遭遇到的最大考验。中国航天员科研训练中心航天环境医学研究室主任何新星说，在空间轨道的失重环境，血液往头部、上肢转移，人体体液的调节会发生变化。紧接着是心血管可能会出问题。在太空，航天员行走不是靠双脚，而是用胳膊用力飘浮过去。这会导致肌肉的萎缩，也会造成骨质疏松。
在飞行过程中，地面支持团队将综合利用医学询问、基本生理指标检查、尿常规检测等手段，定期实施健康状态评估；注重加强舱内微生物控制，并配置了预防治疗药品和有关医疗器械。此外，本次任务首次建立起天地远程医疗支持系统，通过天地协同会诊，解决航天员在轨“看病”问题。
同时，专门为航天员打造了一个“太空健身房”，配备了防护装备和锻炼设备，尽可能降低失重带来的不利影响。比如使用套带，防护飞行初期出现的头胀、鼻塞等不适反应；通过使用拉力器和自行车功量计锻炼、穿着企鹅服工作，对心肺功能下降、肌肉萎缩和骨质丢失等情况进行综合防护。
所谓“企鹅服”其实也是一种锻炼工具。在太空失重状态下，人的肌肉会失去重力的刺激，发生萎缩。穿上“企鹅服”，可以给人一个对抗的力，维持对肌肉力量的持续刺激，防止失重引起肌肉松弛和骨质丢失。拉力器增加了下肢和腰背肌群的锻炼。航天员系统专家说，一般来说，航天员在太空每天会花一个小时进行锻炼。
地面支持团队也会在飞行中观察和评估两名航天员的心理状态，并提供心理支持。尤其是中后期，对航天员的情绪、疲劳程度、人机互动、天地互动和两人彼此的互动，都会重点观察和记录。
黄伟芬说，这次飞行任务中，地面团队为航天员提供了一个基于虚拟现实技术的心理舒缓系统，通过这个系统，航天员可以看到家人、家里场景、熟悉的环境等。改进了天地信息交流系统，航天员可以随时和地面沟通信息、传递邮件，与亲朋好友进行音视频交流。
航天员自己也随带了感兴趣的歌曲、视频等，包括家人的照片。一天忙碌之后，在晚上自主支配的大约1小时休闲时间里，可以拿出来听或者看看。这也是一种心理上的放松。