1、保证金的期限不同：投标保证金应在招标文件规定的投标保证金期限内提交，一般在投标同时提交；履约保证金应在签定正式施工合同前提交；投标保证金返还时间为签定施工合同或提供履约保证时的第28天；履约保证金返还时间为工程经验收合格之日或合同约定时间。
2、后果不同：没有按照招标文件提交投标保证金或所提供的投标保证金有瑕疵的，按废标处理；提交投标保证金但违反下述方投标保证金的两种情况之一，没收投标保证金；
没有按招标文件要求提交履约保证金的，将失去订立合同的资格，并没收投标保证金。提交履约保证金方不履行合同，接受方可按合同约定没收保证金，并不以此为限；接受方不履行合同，须向提交方双倍返还履约保证金，并不以此为限。
3、目的不同：投标保证金的目的有二：其一，投标人在有效期内不能撤回其投标文件；一旦中标，必须在规定期限内提交履约保证金或签署合同。履约保证金的目的保证完全履行合同，主要要保证按合同约定的质量和工期条款履行合同。
参考资料来源：百度百科-投标有效期
参考资料来源：百度百科-投标保函
投标保函有效期与投标有效期的区别如下：
1、监管部门不一样
投标保函有效期由银监会审批和监管，并规定只有他们审批设立的租赁公司才可冠以“金融”二字。
投标有效期从金融市场拆借（短期）资金不涉及信贷规模问题， 而但涉及公众存款的资金或信用，因此租赁交易额（为了防止短期资金长用带来的系统风险）要纳入信贷规模严格管理。从而把租赁公司作为放款部门监管。
2、服务对象不同
投标保函有效期主要适用于个人和家庭的日常消费支付与转账。客户可以通过个人网上银行服务，完成实时查询、转账、网上支付和汇款功能。个人网上银行服务的出现，标志着银行的业务触角直接伸展到个人客户的家庭PC桌面上．方便使用，真正体现了家庭银行的风采。
投标有效期主要针对企业与政府部门等企事业客户。企事业组织可以通过企业网上银行服务实时了解企业财务运作情况，及时在组织内部调配资金，轻松处理大批量的网上支付和工资发放业务，并可处理信用证相关业务。
3、计算方法不同
投标保函有效期计算公式为：
经营净收入=经营收入-经营费用-生产性固定资产折旧-生产税+
出租房屋净收入、出租其他资产净收入和自有住房折算净租金等。财产净收入不包括转让资产所有权的溢价所得。
转移净收入 计算公式为：转移净收入=转移性收入-转移性支出
而投标有效期计算公式表示为：人均可支配收入实际增长率= （报告期人均可支配收入/基期人均可支配收入）/居民消费价格指数-100%。
4、作用不同
投标保函有效期反映的是一个国家或地区农村居民收入的平均水平，而投标有效期反映的是人民的生活水平。
参考资料来源：百度百科-投标有效期
本回答被网友采纳2、也就是说银行保函的有效期是要覆盖投标有效期的。深层次的分析就是，投标保函多出投标有效期的那段时间，是给投标方时间来办理履约保函的，那么在这段时间内，银行投标保函的作用其实是暂时代替履约保函的履约担保功能。通常招标文件的规定时：担保方在确认此保函在招标通告中要求的投标截止日期或在此日期后的30天内仍然是有效地，延长投标有效期并不需要通知担保方。许多企业在投标时，办理的投标保函对投标保函有效期重视不足，经常把投标保函的有效期与投标文件的有效期混淆，觉得保函有效期少了30天的现象。
3、 有些企业也经常会遇到投标保函格式的问题，就是如果甲方有自己的格式，但银行为了保障自己的利益会不接受某些条款，会对格式进行修改，此时作为乙方就要跟甲方沟通了，如果甲方坚持不能修改，企业拿银行修改过的投标保函格式去投标，会导致废标，给双方都会造成损失。